需求提交

[xiazhk163]

冒昧请教一下，如果想把ST_Handle_Exp.py cellCluster得到的h5ad中属于某个cluster的所有dnb全部提取出来，该如何操作？
比如在bin50水平上。

[tyyl622]

不知道你有没有解决，我最近才开始挖这个数据...可以试一下用scanpy处理
我下载了成年小鼠的h5ad文件，华大已经做好了注释
import scanpy as sc
import pandas as pd
import numpy as np
h5=sc.read_h5ad('yourpath/Mouse_brain_cell_bin.h5ad')
h5filt=h5[h5.obs['annotation'] == 'your_specific_cluster']