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Commit 3ec8951

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‎DESCRIPTION‎

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,6 +1,6 @@
11
Package: BioDataScience
22
Type: Package
3-
Version: 2019.0.0
3+
Version: 2019.6.0
44
Title: A Series of Learnr Documents for Biological Data Science
55
Description: Interactive documents using learnr for studying biological data science.
66
Authors@R: c(

‎NEWS.md‎

Lines changed: 28 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,33 @@
11
# BioDataScience News
22

3+
## Changes in version 2019.6.0
4+
5+
- correction tutorial 06b_recombinaison
6+
7+
## Changes in version 2019.5.0
8+
9+
- correction tutorial 06b_recombinaison
10+
11+
## Changes in version 2019.4.0
12+
13+
- tutorial 06b_recombinaison finalized
14+
15+
## Changes in version 2019.3.0
16+
17+
- tutorial 01a_base finalized
18+
19+
## Changes in version 2019.2.0
20+
21+
- tutorial 01a_base finalized
22+
23+
## Changes in version 2019.1.0
24+
25+
- Review of the all tutorials (00a - 13c) with the **svbox 2019**
26+
27+
## changes in version 2018.1.0
28+
29+
- Review of the all tutorials (00a - 13c) with the **svbox 2018** and with the new function `collect_sdd()`
30+
331
## Changes in version 2019.0.0
432

533
- Review of the all tutorials (00a - 13c) with the **svbox 2019**

‎inst/tutorials/00a_jde_2019/jde2019.html‎

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‎inst/tutorials/01a_base/base.Rmd‎

Lines changed: 252 additions & 0 deletions
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@@ -0,0 +1,252 @@
1+
---
2+
title: "Les différents outils de la science des données biologiques"
3+
author : "Guyliann Engels, Raphael Conotte & Philippe Grosjean"
4+
tutorial:
5+
id: "sdd1.01a"
6+
version: 1.0.0
7+
output:
8+
learnr::tutorial:
9+
progressive: true
10+
runtime: shiny_prerendered
11+
---
12+
13+
```{r setup, include=FALSE}
14+
library(learnr)
15+
options(tutorial.event_recorder = BioDataScience::record_sdd)
16+
tutorial_options(exercise.checker = BioDataScience::checker_sdd)
17+
tutorial_options(exercise.timelimit = 60)
18+
tutorial_options(exercise.cap = "Code R")
19+
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, comment = NA)
20+
```
21+
22+
```{r, echo=FALSE}
23+
fixedRow(
24+
column(9, div(
25+
img(src = 'images/BioDataScience-128.png', align = "left"),
26+
h1("Science des données biologiques"),
27+
"Réalisé par le service d'Écologie numérique des Milieux aquatiques, Université de Mons (Belgique)"
28+
)),
29+
column(3, div(
30+
textInput("user", "Utilisateur :", ""),
31+
textInput("email", "Email :", "")
32+
))
33+
)
34+
textOutput("user") # This is newer shown, but required to trigger an event!
35+
textOutput("email") # Idem!
36+
```
37+
38+
```{r, context="server"}
39+
output$user <- renderText({BioDataScience::user_name(input$user);""})
40+
output$email <- renderText({BioDataScience::user_email(input$email);""})
41+
updateTextInput(session, "user", value = BioDataScience::user_name())
42+
updateTextInput(session, "email", value = BioDataScience::user_email())
43+
```
44+
45+
46+
## Préambule
47+
48+
Si vous n'avez jamais utilisé de tutoriel "learnr", familiarisez-vous d'abord avec son interface [ici](http://biodatascience-course.sciviews.org/sdd-umons/learnr.html).
49+
50+
![](images/attention.jpg)
51+
52+
> Conformément au RGPD ([Règlement Général sur la Protection des Données](https://ec.europa.eu/info/law/law-topic/data-protection/reform/rules-business-and-organisations/principles-gdpr_fr)), nous sommes tenus de vous informer de ce que vos résultats seront collectés afin de suivre votre progression. **Les données seront enregistrées au nom de l'utilisateur apparaissant en haut de cette page. Corrigez si nécessaire !** En utilisant ce tutoriel, vous marquez expressément votre accord pour que ces données puissent être collectées par vos enseignants et utilisées pour vous aider et vous évaluer. Après avoir été anonymisées, ces données pourront également servir à des études globales dans un cadre scientifique et/ou éducatif uniquement.
53+
54+
## Gestion de projet
55+
56+
Répondez aux questions ci-dessous
57+
58+
```{r qu_intro}
59+
quiz(
60+
question("Définissez la SciViews Box 2019 ?",
61+
answer("une machine virtuelle dédiée à la recherche scientifique avec de nombreux programmes préconfigurés",
62+
correct = TRUE),
63+
answer("un environnement de développement intégré"),
64+
answer("un logiciel de gestion de versions"),
65+
answer("un service web d'hébergement de projet"),
66+
answer("un langage avec une syntaxe facile à lire et à écrire"),
67+
answer("aucune des réponses proposées n'est correcte"),
68+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
69+
),
70+
question("Définissez le programme RStudio",
71+
answer("une machine virtuelle dédiée à la recherche scientifique avec de nombreux programmes préconfigurés"),
72+
answer("un environnement de développement intégré", correct = TRUE),
73+
answer("un logiciel de gestion de versions"),
74+
answer("un service web d'hébergement de projet"),
75+
answer("un langage avec une syntaxe facile à lire et à écrire"),
76+
answer("aucune des réponses proposées n'est correcte"),
77+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE),
78+
question("Définissez Git",
79+
answer("une machine virtuelle dédiée à la recherche scientifique avec de nombreux programmes préconfigurés"),
80+
answer("un environnement de développement intégré"),
81+
answer("un logiciel de gestion de versions", correct = TRUE),
82+
answer("un service web d'hébergement de projet"),
83+
answer("un langage avec une syntaxe facile à lire et à écrire"),
84+
answer("aucune des réponses proposées n'est correcte"),
85+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE),
86+
question("Définissez GitHub",
87+
answer("une machine virtuelle dédiée à la recherche scientifique avec de nombreux programmes préconfigurés"),
88+
answer("un environnement de développement intégré"),
89+
answer("un logiciel de gestion de versions"),
90+
answer("un service web d'hébergement de projet", correct = TRUE),
91+
answer("un langage avec une syntaxe facile à lire et à écrire"),
92+
answer("aucune des réponses proposées n'est correcte"),
93+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE),
94+
question("Définissez le Markdown",
95+
answer("une machine virtuelle dédiée à la recherche scientifique avec de nombreux programmes préconfigurés"),
96+
answer("un environnement de développement intégré"),
97+
answer("un logiciel de gestion de versions"),
98+
answer("un service web d'hébergement de projet"),
99+
answer("un langage avec une syntaxe facile à lire et à écrire", correct = TRUE),
100+
answer("aucune des réponses proposées n'est correcte"),
101+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE)
102+
)
103+
```
104+
105+
106+
## Analyse de situation
107+
108+
### Situation 1
109+
110+
Deux chercheurs distants de plusieurs centaines de kilomètres, collaborent sur un projet commun. Ils ont pour cela décidé d'employer un outil de gestion de version et d'héberger ce projet sur un système d'hébergement web dédié pour cela.
111+
112+
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
113+
114+
![](images/gestion-version.drawio.png)
115+
116+
```{r qu_git1}
117+
quiz(
118+
question("Qualifiez la situation **A**",
119+
answer("commit", correct = TRUE),
120+
answer("clone"),
121+
answer("push"),
122+
answer("pull"),
123+
answer("fetch"),
124+
answer("fork"),
125+
answer("pull request"),
126+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
127+
),
128+
question("Qualifiez la situation **B**",
129+
answer("commit"),
130+
answer("clone"),
131+
answer("push", correct = TRUE),
132+
answer("pull"),
133+
answer("fetch"),
134+
answer("fork"),
135+
answer("pull request"),
136+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
137+
),
138+
question("Qualifiez la situation **C**",
139+
answer("commit"),
140+
answer("clone"),
141+
answer("push"),
142+
answer("pull", correct = TRUE),
143+
answer("fetch"),
144+
answer("fork"),
145+
answer("pull request"),
146+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
147+
)
148+
)
149+
```
150+
151+
### Situation 2
152+
153+
Le chercheur 2 s'intéresse au projet du chercheur 1, travaille dessus et propose des modifications afin l'améliorer.
154+
155+
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
156+
157+
![](images/fork.png)
158+
159+
```{r qu_git2}
160+
quiz(
161+
question("Qualifiez la situation **A**",
162+
answer("commit"),
163+
answer("clone"),
164+
answer("push"),
165+
answer("pull"),
166+
answer("fetch"),
167+
answer("fork", correct = TRUE),
168+
answer("pull request"),
169+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
170+
),
171+
question("Qualifiez la situation **B**",
172+
answer("commit", correct = TRUE),
173+
answer("clone"),
174+
answer("push"),
175+
answer("pull"),
176+
answer("fetch"),
177+
answer("fork"),
178+
answer("pull request"),
179+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
180+
),
181+
question("Qualifiez la situation **C**",
182+
answer("commit"),
183+
answer("clone"),
184+
answer("push"),
185+
answer("pull"),
186+
answer("fetch"),
187+
answer("fork"),
188+
answer("pull request", correct = TRUE),
189+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
190+
)
191+
)
192+
```
193+
194+
195+
### Situation 3
196+
197+
Le chercheur 2 vient d'intégrer le projet que le chercheur 1 réalisait seul. Il doit donc acquérir le dépot pour la première fois sur sa machine avant de pouvoir contribuer à ce projet.
198+
199+
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
200+
201+
![](images/clone.png)
202+
203+
204+
```{r qu_git3}
205+
quiz(
206+
question("Qualifiez la situation **A**",
207+
answer("commit"),
208+
answer("clone", correct = TRUE),
209+
answer("push"),
210+
answer("pull"),
211+
answer("fetch"),
212+
answer("fork"),
213+
answer("pull request"),
214+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
215+
),
216+
question("Qualifiez la situation **B**",
217+
answer("commit", correct = TRUE),
218+
answer("clone"),
219+
answer("push"),
220+
answer("pull"),
221+
answer("fetch"),
222+
answer("fork"),
223+
answer("pull request"),
224+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
225+
),
226+
question("Qualifiez la situation **C**",
227+
answer("commit"),
228+
answer("clone"),
229+
answer("push", correct = TRUE),
230+
answer("pull"),
231+
answer("fetch"),
232+
answer("fork"),
233+
answer("pull request"),
234+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
235+
)
236+
)
237+
```
238+
239+
240+
## Conclusion
241+
242+
Laissez nous vos impressions sur cet outil pédagogique ou expérimentez encore dans la zone ci-dessous. Rappelez-vous que pour placer un commentaire dans une zone de code R, vous devez utiliser un dièse (`#`) devant vos phrases.
243+
244+
```{r comm, exercise=TRUE, exercise.lines=8}
245+
# Ajout de commentaires
246+
# ...
247+
```
248+
249+
```{r comm-check}
250+
# Not yet...
251+
```
252+

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