add shiny app 04e_gomptertz

Author: GuyliannEngels

NEWS.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # BioDataScience2 News
 
-## Changes in version 2019.7.0
+## Changes in version 2019.8.0
 
 - shiny app 04c 04d
 

inst/shiny/04e_gompertz/server.R

@@ -0,0 +1,88 @@
+#
+# This is the server logic of a Shiny web application. You can run the
+# application by clicking 'Run App' above.
+#
+# Find out more about building applications with Shiny here:
+#
+#    http://shiny.rstudio.com/
+#
+
+library(shiny)
+SciViews::R()
+
+# Define server logic required to draw a histogram
+shinyServer(function(input, output) {
+
+    output$gomp_plot <- renderPlot({
+
+        set.seed(42)
+
+        gomp_data <- tibble(
+            t = seq(0, 10, by = 0.1),
+            y = SSgompertz(t, Asym = 1, b2 = 5, b3 = 0.5) + rnorm(
+                n = length(t), sd = 0.05),
+            y_predit = SSgompertz(x = t, Asym = input$asym_ui, b2 = input$b2_ui,
+                                  b3 = input$b3_ui)
+        )
+
+        chart(data = gomp_data, y ~ t) +
+            geom_point() +
+            geom_line(f_aes(y_predit ~ t), color = "red") +
+            xlab("Temps") +
+            ylab("Population")
+
+    })
+
+    output$gomp_model <- renderUI({
+        withMathJax(
+            sprintf(
+                "Ton modèle  :
+                  $$%.02f \\times e^{- %.02f \\times %.02f^{Temps}}$$",
+                input$asym_ui, input$b2_ui, input$b3_ui))
+    })
+
+
+    output$gomp_resid <- renderUI({
+
+        set.seed(42)
+
+
+        set.seed(42)
+
+        gomp_data <- tibble(
+            t = seq(0, 10, by = 0.1),
+            y = SSgompertz(t, Asym = 0.95, b2 = 5, b3 = 0.5) + rnorm(
+                n = length(t), sd = 0.05),
+            y_predit = SSgompertz(x = t, Asym = input$asym_ui, b2 = input$b2_ui,
+                                  b3 = input$b3_ui),
+            distance2 = (y_predit - y)^2
+        )
+
+        value <- sum(gomp_data$distance2)
+
+        withMathJax(
+            sprintf("La valeur de la somme des résidus au carré de ton modèle : $$%.05f$$",
+                    value))
+    })
+
+
+    output$gomp_theo <- renderPlot({
+
+        gomp_data <- tibble(
+            t = seq(0, 10, by = 0.1),
+            y = SSgompertz(t, Asym = 1, b2 = 5, b3 = 0.5)
+        )
+
+        chart(data = gomp_data, y ~ t) +
+            geom_line() +
+            geom_vline(xintercept = 0, col = "darkgray") +
+            geom_hline(yintercept = c(0, 0.95/exp(1), 0.95), col = "gray",
+                       linetype = "dashed") +
+            geom_vline(xintercept = 2.3, col = "gray", linetype = "dashed") +
+            annotate("text", label = "Asym", x = -0.4, y = 0.95) +
+            annotate("text", label = "Asym/e", x = -0.5, y = 0.95/exp(1)) +
+            annotate("text", label = "point d'inflexion", x = 3.5, y = 0.32) +
+            labs( x = "x")
+    })
+
+})

inst/shiny/04e_gompertz/ui.R

@@ -0,0 +1,80 @@
+library(shiny)
+
+titlePanel_h4 <- function(title, windowTitle = title) {
+  tagList(tags$head(tags$title(windowTitle)), h4(title))
+}
+
+# Define UI for application that draws a histogram
+shinyUI(
+  navbarPage(
+    title = titlePanel_h4("Modèle de Gompertz"),
+    tabPanel(
+      "Un peu de théorie",
+      sidebarLayout(
+        sidebarPanel(
+          withMathJax(),
+          h4("Le Contexte"),
+          p("Gompertz a observé de manière empirique que le taux de survie
+             décroît souvent de manière proportionnelle au logarithme du
+             nombre d’animaux qui survivent. Ce modèle décrit est utilisé pour
+             décrire des courbes de survie et des données de croissance."),
+          h4("L'équation mathématique :"),
+          p("$$Asym \\times e^{- b_{2} \\times b_{3}^x}$$"),
+          h4("Eléments importants :"),
+          p("- une asymptotes horizontales"),
+          p("- un point d'inflection asymétrique"),
+          hr(),
+          h4("La fonction dans R : "),
+          p("$$SSgompertz(x, Asym, b2, b3)$$"),
+          h5("Arguments de la fonction : "),
+          p("x : est un vecteur de nombre représentant le temps."),
+          p("Asym : est la valeur de y représenté par un asymptote
+              horizontale."),
+          p("b2 : TODO."),
+          p("b3 : TODO."),
+          width = 5
+        ),
+        mainPanel(
+          p("Le graphique ci-dessous représente le modèle de Gompertz avec
+             Asym = 0.95, b2 = 5, b3 = 0.5"),
+          plotOutput("gomp_theo"),
+          width = 7
+        )
+      )
+    ),
+    tabPanel(
+      title = "A toi de jouer !",
+      sidebarLayout(
+        sidebarPanel(
+          withMathJax(),
+          p("Le modèle de Gompertz est employé pour décrire des courbes de
+              survie et des données de croissance avec un asymptote
+              horizontale et un point d'inflection asymétrique."),
+          p("L'équation mathématique de la fonction est la
+              suivante: $$y = Asym \\times e^{- b_{2} \\times b_{3}^x}$$"),
+          numericInput(inputId = "asym_ui", label = "Valeur de Asym (asymptote horizontale)",
+                   value = 0.50, min = 0.250, max = 10.00, step = 0.25),
+          p("Valeur par défaut : 0.50"),
+          numericInput(inputId = "b2_ui", label = "Valeur de b2",
+                       value = 1.00, min = 0.25, max = 10.00, step = 0.25),
+          p("Valeur par défaut : 1"),
+          numericInput(inputId = "b3_ui", label = "Valeur de b3",
+                   value = 1.00, min = 0.25, max = 10.00, step = 0.25),
+          p("Valeur par défaut : 1")
+        ),
+        mainPanel(
+          h4("Ajustez le meilleur modèle de Gompertz"),
+          p("Vous devez ajuster votre modèle en faisant varier les
+              paramètres du modèle."),
+          plotOutput("gomp_plot"),
+          hr(),
+          withMathJax(),
+          uiOutput("gomp_model"),
+          hr(),
+          uiOutput("gomp_resid"),
+          hr()
+        )
+      )
+    )
+  )
+)