-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Expand file tree
/
Copy pathMakefile.include
More file actions
329 lines (329 loc) · 19.9 KB
/
Makefile.include
File metadata and controls
329 lines (329 loc) · 19.9 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
conseqscannertest.o: src/conseqscannertest.c src/ZOE.h src/zConseq.h \
src/zSequence.h src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zSfeature.h src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h \
src/zGTF.h src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h \
src/zAlnFeature.h src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h \
src/zTrellis.h src/zViterbi.h
conseqtest.o: src/conseqtest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
conseqtest2.o: src/conseqtest2.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
factorytest.o: src/factorytest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
gctest.o: src/gctest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
gtf2zoe.o: src/gtf2zoe.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
gtftest.o: src/gtftest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
iscan.o: src/iscan.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h src/zTools.h \
src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zDuration.h \
src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h \
src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h src/zAlignment.h \
src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h src/zHMM.h \
src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
mathtest.o: src/mathtest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
modeltest.o: src/modeltest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
pairagon.o: src/pairagon.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h src/zHardCoding.h
pairagon2estgen.o: src/pairagon2estgen.c src/ZOE.h src/zConseq.h \
src/zSequence.h src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zSfeature.h src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h \
src/zGTF.h src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h \
src/zAlnFeature.h src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h \
src/zTrellis.h src/zViterbi.h
pairameter_estimate.o: src/pairameter_estimate.c src/ZOE.h src/zConseq.h \
src/zSequence.h src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zSfeature.h src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h \
src/zGTF.h src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h \
src/zAlnFeature.h src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h \
src/zTrellis.h src/zViterbi.h src/zHardCoding.h
scannertest.o: src/scannertest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
seqedit.o: src/seqedit.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
seqstats.o: src/seqstats.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
sftest.o: src/sftest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
tooltest.o: src/tooltest.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
zAlignment.o: src/zAlignment.c src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zTools.h
zAlignmentScanner.o: src/zAlignmentScanner.c src/zAlignmentScanner.h \
src/zAlignment.h src/zFastaFile.h src/zTools.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zMath.h src/zSfeature.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zAlnFeature.o: src/zAlnFeature.c src/zHardCoding.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zTools.h \
src/zHMM_State.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zGTF.h src/zAlnFeature.h
zBNTreeModel.o: src/zBNTreeModel.c src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zMath.h src/zTools.h
zConseq.o: src/zConseq.c src/zConseq.h src/zSequence.h src/zTools.h
zDNA.o: src/zDNA.c src/zDNA.h src/zTools.h src/zSequence.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zHMM_State.h \
src/zSfeature.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zAlignment.h \
src/zFastaFile.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h
zDistribution.o: src/zDistribution.c src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zTools.h
zDuration.o: src/zDuration.c src/zDuration.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zTools.h
zEstseq.o: src/zEstseq.c src/zEstseq.h src/zSequence.h src/zTools.h
zEstseqSearch.o: src/zEstseqSearch.c src/zEstseqSearch.h src/zTools.h \
src/zMath.h src/zEstseq.h src/zSequence.h
zFastaFile.o: src/zFastaFile.c src/zFastaFile.h src/zTools.h
zFeatureFactory.o: src/zFeatureFactory.c src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zMath.h src/zTools.h src/zModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zSequence.h src/zEstseq.h src/zConseq.h \
src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h
zFloatwiseScoreAdd.o: src/zFloatwiseScoreAdd.c
zGTF.o: src/zGTF.c src/zGTF.h src/zSfeature.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zGeometricTail.o: src/zGeometricTail.c src/zGeometricTail.h src/zTools.h
zHMM.o: src/zHMM.c src/zHMM.h src/zDuration.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zTools.h src/zHMM_State.h src/zSfeature.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zAlignment.h \
src/zFastaFile.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zHardCoding.h src/zAlnFeature.h
zHMM_State.o: src/zHMM_State.c src/zHMM_State.h src/zSfeature.h \
src/zTools.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zMath.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h
zHardCoding.o: src/zHardCoding.c src/zHardCoding.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zTools.h \
src/zHMM_State.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zGTF.h
zMath.o: src/zMath.c src/zMath.h src/zTools.h
zModel.o: src/zModel.c src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zMath.h src/zTools.h
zPairTransition.o: src/zPairTransition.c src/zTransition.h src/zMath.h \
src/zTools.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zEstseq.h \
src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h src/zFastaFile.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zConseq.h src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h \
src/zHMM.h src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h
zPairTrellis.o: src/zPairTrellis.c src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zTools.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zFastaFile.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zMath.h src/zModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h \
src/zHardCoding.h
zPairViterbi.o: src/zPairViterbi.c src/zTBTree.h src/zTools.h \
src/zViterbi.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zAlnFeature.h src/zHMM.h src/zDuration.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zHMM_State.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h \
src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zAlignment.h \
src/zFastaFile.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zTrellis.h src/zPairTrellis.h \
src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h src/zHardCoding.h
zPhasePref.o: src/zPhasePref.c src/zPhasePref.h src/zMath.h src/zTools.h \
src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h
zProtein.o: src/zProtein.c src/zProtein.h src/zFastaFile.h src/zTools.h
zScanner.o: src/zScanner.c src/zScanner.h src/zMath.h src/zTools.h \
src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zSequence.h src/zEstseq.h src/zConseq.h \
src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zAlignment.h src/zFastaFile.h
zSeedUtils.o: src/zSeedUtils.c src/zSeedUtils.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zSequence.o: src/zSequence.c src/zSequence.h src/zTools.h
zSfeature.o: src/zSfeature.c src/zSfeature.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zStopSeq.o: src/zStopSeq.c src/zStopSeq.h src/zScanner.h src/zMath.h \
src/zTools.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSequence.h \
src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zAlignment.h \
src/zFastaFile.h
zTBTree.o: src/zTBTree.c src/zTBTree.h src/zTools.h
zTools.o: src/zTools.c src/zTools.h
zTransition.o: src/zTransition.c src/zTransition.h src/zMath.h \
src/zTools.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zEstseq.h \
src/zTrellis.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zConseq.h src/zAlignment.h \
src/zFastaFile.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zPhasePref.h \
src/zGTF.h
zTrellis.o: src/zTrellis.c src/zTrellis.h src/zDNA.h src/zTools.h \
src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zMath.h \
src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zEstseq.h src/zConseq.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zFastaFile.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h \
src/zHMM.h src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h \
src/zTransition.h src/zPhasePref.h src/zGTF.h
zViterbi.o: src/zViterbi.c src/zTBTree.h src/zTools.h src/zTrellis.h \
src/zDNA.h src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h \
src/zMath.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zEstseq.h \
src/zConseq.h src/zSfeature.h src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h src/zDuration.h \
src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zGTF.h src/zViterbi.h src/zAlnFeature.h src/zPairTrellis.h \
src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h
zoe2gtf.o: src/zoe2gtf.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDNA.h src/zFastaFile.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zSfeature.h \
src/zAlignment.h src/zEstseqSearch.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h \
src/zHMM.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zSeedUtils.h src/zProtein.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
GLIB_CFLAGS=-I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/glib-2.0/include -DHAS_GLIB
GLIB_LFLAGS=-lglib-2.0 -static -DHAS_GLIB