Hello,
I am using the 4SUtagger.py for my mouse RNAseq data with this command :
4SUtagger.py ${bam} \ --R2_based \ -known ${params.known_variants} \ -reference ${params.reference_fasta} \ -temp_dir ${params.temp_dir} \ -tagthreads 8 \ -introns ${params.introns} \ -exons ${params.exons} \ -o tagged.bam \ > ${params.logdir}/tag_trans/tag_${library}.stdout \ 2> ${params.logdir}/tag_trans/tag_${library}.stderr
However, I receive the error below
Is it something wrong from my end?
Thanks in advance,
Anna
/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/bin/4SUtagger.py:464: UserWarning: You passed a edgecolor/edgecolors ('black') for an unfilled marker ('+'). Matplotlib is ignoring the edgecolor in favor of the facecolor. This behavior may change in the future. plt.scatter( /fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/bin/4SUtagger.py:471: UserWarning: You passed a edgecolor/edgecolors ('black') for an unfilled marker ('+'). Matplotlib is ignoring the edgecolor in favor of the facecolor. This behavior may change in the future. plt.scatter( Traceback (most recent call last): File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/bin/4SUtagger.py", line 502, in <module> for gene in expression_matrix.mean(1).sort_values()[-100:].index: File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame.py", line 11700, in mean result = super().mean(axis, skipna, numeric_only, **kwargs) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/generic.py", line 12439, in mean return self._stat_function( File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/generic.py", line 12396, in _stat_function return self._reduce( File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame.py", line 11569, in _reduce res = df._mgr.reduce(blk_func) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/internals/managers.py", line 1500, in reduce nbs = blk.reduce(func) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/internals/blocks.py", line 406, in reduce result = func(self.values) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame.py", line 11488, in blk_func return op(values, axis=axis, skipna=skipna, **kwds) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 147, in f result = alt(values, axis=axis, skipna=skipna, **kwds) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 404, in new_func result = func(values, axis=axis, skipna=skipna, mask=mask, **kwargs) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 720, in nanmean the_sum = _ensure_numeric(the_sum) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 1686, in _ensure_numeric raise TypeError(f"Could not convert {x} to numeric") TypeError: Could not convert [list([0.0, 0.058823529411764705, 0.06060606060606061, 0.125, 0.13043478260869565, 0.11764705882352941, 0.08695652173913043, 0.0, 0.0, 0.08, 0.0, 0.07407407407407407, 0.0, 0.1111111111111111, 0.0, 0.06060606060606061, 0.13333333333333333, 0.10869565217391304, 0.09090909090909091, 0.030303030303030304, 0.07692307692307693, 0.08333333333333333, 0.13725490196078433, 0.04285714285714286, 0.0, 0.0, 0.03773584905660377, 0.0, 0.0, 0.03333333333333333, 0.09090909090909091, 0.0, 0.0, 0.05454545454545454, 0.05172413793103448, 0.01694915254237288, 0.08, 0.1, 0.07317073170731707, 0.0, 0.0, 0.047619047619047616, 0.029411764705882353, 0.05714285714285714, 0.16666666666666666, 0.058823529411764705, 0.0, 0.09090909090909091, 0.038461538461538464, 0.0, 0.0625, 0.024390243902439025, 0.02631578947368421, 0.07894736842105263, 0.0, 0.02040816326530612, 0.1, 0.0, 0.0425531914893617, 0.0, 0.034482758620689655, 0.058823529411764705, 0.075, 0.0, 0.0196078431372549, 0.0, 0.02702702702702703, 0.058823529411764705, 0.0, 0.08333333333333333, 0.023809523809523808, 0.03333333333333333, 0.0, 0.0, 0.10344827586206896, 0.0, 0.014084507042253521, 0.0, 0.02857142857142857, 0.09523809523809523, 0.14285714285714285, 0.03333333333333333, 0.06451612903225806, 0.017241379310344827, 0.05357142857142857, 0.03125, 0.0, 0.02127659574468085, 0.047619047619047616, 0.011764705882352941, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0847457627118644, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.13043478260869565, 0.0, 0.0, 0.07246376811594203, 0.05, 0.017543859649122806, 0.05555555555555555, 0.11904761904761904, 0.030303030303030304, 0.13513513513513514, 0.0, 0.06818181818181818, 0.037037037037037035, 0.03773584905660377, 0.04411764705882353, 0.0, 0.03389830508474576, 0.02564102564102564, 0.0, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.0, 0.09375, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.030303030303030304, 0.03773584905660377, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.03076923076923077, 0.03278688524590164, 0.0, 0.046875, 0.0, 0.0, 0.031446540880503145, 0.11475409836065574, 0.0, 0.0, 0.08695652173913043, 0.02654867256637168, 0.030303030303030304, 0.0, 0.017543859649122806, 0.0, 0.016129032258064516, 0.0, 0.0, 0.0, 0.10526315789473684, 0.0, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.13333333333333333, 0.15384615384615385, 0.0, 0.08695652173913043, 0.0, 0.04, 0.0, 0.07142857142857142, 0.15, 0.0, 0.027777777777777776, 0.13432835820895522, 0.06666666666666667, 0.08, 0.019230769230769232, 0.07894736842105263, 0.046511627906976744, 0.02564102564102564, 0.012345679012345678, 0.0, 0.06451612903225806, 0.0, 0.0, 0.04, 0.0, 0.058823529411764705, 0.027777777777777776, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.00980392156862745, 0.018867924528301886, 0.027777777777777776, 0.0, 0.058823529411764705, 0.08771929824561403, 0.047619047619047616, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.044444444444444446, 0.06666666666666667, 0.0625, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04, 0.125, 0.11764705882352941, 0.0, 0.0, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.2, 0.022727272727272728, 0.0, 0.05714285714285714, 0.02, 0.10810810810810811, 0.02564102564102564, 0.13333333333333333, 0.0, 0.0, 0.07407407407407407, 0.06060606060606061, 0.05405405405405406, 0.04878048780487805, 0.02564102564102564, 0.038461538461538464, 0.01818181818181818, 0.05660377358490566, 0.1, 0.0, 0.06896551724137931, 0.02564102564102564, 0.0, 0.0967741935483871, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.014925373134328358, 0.0, 0.03333333333333333, 0.0, 0.03636363636363636, 0.06060606060606061, 0.0625, 0.0625, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.1, 0.03225806451612903, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.0, 0.0, 0.0392156862745098, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0, 0.05357142857142857, 0.0196078431372549, 0.037037037037037035, 0.06451612903225806, 0.011363636363636364, 0.08108108108108109, 0.0, 0.022900763358778626, 0.0, 0.0, 0.0, 0.125, 0.02857142857142857, 0.075, 0.07142857142857142, 0.0, 0.0, 0.09523809523809523, 0.022222222222222223, 0.07142857142857142, 0.0, 0.14583333333333334, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.0, 0.024390243902439025, 0.06382978723404255, 0.0, 0.16, 0.029411764705882353, 0.06666666666666667, 0.05555555555555555, 0.0, 0.046511627906976744, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.1, 0.05263157894736842, 0.05, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.025, 0.02531645569620253, 0.0, 0.06521739130434782, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.020833333333333332, 0.046511627906976744, 0.0, 0.034482758620689655, 0.0, 0.15625, 0.0, 0.041666666666666664, 0.0, 0.10256410256410256, 0.03225806451612903, 0.0, 0.0, 0.06451612903225806, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07692307692307693, 0.0, 0.06666666666666667, 0.0, 0.05263157894736842, 0.030303030303030304, 0.0, 0.04081632653061224, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03125, 0.05172413793103448, 0.06666666666666667, 0.06451612903225806, 0.0, 0.07894736842105263, 0.04878048780487805, 0.0, 0.0, 0.02, 0.0, 0.03636363636363636, 0.0, 0.0, 0.0, 0.023255813953488372, 0.16666666666666666, 0.02127659574468085, 0.16666666666666666, 0.1, 0.1, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06896551724137931, 0.0, 0.03225806451612903, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.1, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.047619047619047616, 0.0, 0.022222222222222223, 0.0, 0.022727272727272728, 0.0, 0.01694915254237288, 0.05405405405405406, 0.0, 0.0, 0.02127659574468085, 0.0, 0.06, 0.06896551724137931, 0.10526315789473684, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.125, 0.0, 0.05660377358490566, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.1, 0.07692307692307693, 0.0, 0.03225806451612903, 0.023809523809523808, 0.046511627906976744, 0.07317073170731707, 0.044444444444444446, 0.0, 0.15384615384615385, 0.014084507042253521, 0.0, 0.10869565217391304, 0.06521739130434782, 0.0, 0.022727272727272728, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08333333333333333, 0.0, 0.05405405405405406, 0.043478260869565216, 0.038461538461538464, 0.041666666666666664, 0.06666666666666667, 0.06666666666666667, 0.2222222222222222, 0.04878048780487805, 0.06349206349206349, 0.06666666666666667, 0.07692307692307693, 0.07692307692307693, 0.0, 0.05555555555555555, 0.05555555555555555, 0.07142857142857142, 0.0, 0.0, 0.014925373134328358, 0.05454545454545454, 0.0, 0.05128205128205128, 0.0, 0.05405405405405406, 0.0625, 0.034482758620689655, 0.034482758620689655, 0.0967741935483871, 0.037037037037037035, 0.13636363636363635, 0.0375, 0.058823529411764705, 0.027777777777777776, 0.025, 0.015873015873015872, 0.05, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.03225806451612903, 0.08333333333333333, 0.0, 0.07575757575757576, 0.0, 0.022988505747126436, 0.06451612903225806, 0.030303030303030304, 0.0, 0.047619047619047616, 0.0, 0.11320754716981132, 0.16666666666666666, 0.0, 0.05, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.021739130434782608, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.02857142857142857, 0.045454545454545456, 0.17391304347826086, 0.0, 0.0, 0.07692307692307693, 0.06976744186046512, 0.0, 0.1, 0.041666666666666664, 0.04838709677419355, 0.0, 0.09090909090909091, 0.023809523809523808, 0.023809523809523808, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04081632653061224, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07547169811320754, 0.02, 0.0, 0.0, 0.021505376344086023, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.09090909090909091, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.11428571428571428, 0.125, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.016129032258064516, 0.016129032258064516, 0.0, 0.034482758620689655, 0.02857142857142857, 0.08771929824561403, 0.0, 0.09090909090909091, 0.0, 0.017543859649122806, 0.06666666666666667, 0.02631578947368421, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04838709677419355, 0.015873015873015872, 0.0, 0.09375, 0.0196078431372549, 0.0196078431372549, 0.05555555555555555, 0.034482758620689655, 0.0, 0.02531645569620253, 0.09302325581395349, 0.0, 0.0, 0.09090909090909091, 0.0, 0.029411764705882353, 0.044444444444444446, 0.058823529411764705, 0.0, 0.03296703296703297, 0.009433962264150943, 0.0847457627118644, 0.09090909090909091, 0.0, 0.044444444444444446, 0.0, 0.025974025974025976, 0.043478260869565216, 0.08823529411764706, 0.06666666666666667, 0.0, 0.027777777777777776, 0.0, 0.0, 0.10526315789473684, 0.05128205128205128, 0.0, 0.0, 0.05357142857142857, 0.0, 0.01818181818181818, 0.0, 0.06818181818181818, 0.07142857142857142, 0.06060606060606061, 0.16666666666666666, 0.04, 0.0, 0.05, 0.014492753623188406, 0.0, 0.04, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0625, 0.02666666666666667, 0.0, 0.06451612903225806, 0.10714285714285714, 0.0, 0.043478260869565216, 0.05405405405405406, 0.06666666666666667, 0.07692307692307693, 0.046511627906976744, 0.08333333333333333, 0.04285714285714286, 0.0851063829787234, 0.0, 0.02127659574468085, 0.0, 0.06521739130434782, 0.03529411764705882, 0.08333333333333333, 0.0, 0.0, 0.037037037037037035, 0.0, 0.08695652173913043, 0.0851063829787234, 0.0, 0.0, 0.023255813953488372, 0.0, 0.04878048780487805, 0.06451612903225806, 0.043478260869565216, 0.030303030303030304, 0.0, 0.019230769230769232, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.0, 0.09090909090909091, 0.0, 0.0, 0.03225806451612903, 0.0, 0.2, 0.058823529411764705, 0.0, 0.1111111111111111, 0.09090909090909091, 0.05263157894736842, 0.08333333333333333, 0.1111111111111111, 0.0, 0.0, 0.04878048780487805, 0.030303030303030304, 0.034482758620689655, 0.041666666666666664, 0.044444444444444446, 0.017241379310344827, 0.08333333333333333, 0.024390243902439025, 0.0, 0.023255813953488372, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.043478260869565216, 0.0851063829787234, 0.0, 0.07692307692307693, 0.037037037037037035, 0.0, 0.1111111111111111, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.15384615384615385, 0.06666666666666667, 0.0, 0.02040816326530612, 0.08571428571428572, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.0, 0.03571428571428571, 0.018518518518518517, 0.02, 0.0, 0.0, 0.044444444444444446, 0.11538461538461539, 0.0, 0.04, 0.0, 0.05263157894736842, 0.16666666666666666, 0.11538461538461539, 0.019801980198019802, 0.0, 0.0, 0.1, 0.0, 0.0, 0.03333333333333333, 0.03333333333333333, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07407407407407407, 0.07142857142857142, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06451612903225806, 0.06060606060606061, 0.13333333333333333, 0.0, 0.0, 0.09302325581395349, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.14285714285714285, 0.0, 0.0, 0.07317073170731707, 0.07142857142857142, 0.0625, 0.08695652173913043, 0.06818181818181818, 0.0, 0.061224489795918366, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03125, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.027777777777777776, 0.017241379310344827, 0.0, 0.022727272727272728, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04, 0.0, 0.0, 0.125]) list([0.046511627906976744, 0.0, 0.02, 0.038461538461538464, 0.0, 0.03076923076923077, 0.0, 0.061224489795918366, 0.0, 0.05128205128205128, 0.0, 0.0, 0.13333333333333333, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.0, 0.058823529411764705, 0.06666666666666667, 0.05405405405405406, 0.07142857142857142, 0.05714285714285714, 0.0, 0.057692307692307696, 0.0, 0.0, 0.04, 0.11764705882352941, 0.09375, 0.0, 0.0, 0.07017543859649122, 0.0, 0.047619047619047616, 0.037037037037037035, 0.06153846153846154, 0.0, 0.0, 0.0, 0.02631578947368421, 0.045454545454545456, 0.08333333333333333, 0.06, 0.05, 0.046511627906976744, 0.0, 0.041666666666666664, 0.043478260869565216, 0.10810810810810811, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.16666666666666666, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]) list([0.030303030303030304, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.08695652173913043]) ... list([0.0]) list([0.125, 0.024390243902439025, 0.1111111111111111, 0.06666666666666667, 0.038461538461538464, 0.0, 0.017857142857142856, 0.08333333333333333, 0.0, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.0, 0.14285714285714285, 0.08108108108108109, 0.038461538461538464, 0.043478260869565216, 0.08695652173913043, 0.043478260869565216, 0.125, 0.09090909090909091, 0.07142857142857142, 0.0, 0.16666666666666666, 0.03571428571428571, 0.3333333333333333, 0.125, 0.04, 0.041666666666666664, 0.058823529411764705, 0.037037037037037035, 0.03225806451612903, 0.04, 0.0, 0.041666666666666664, 0.05128205128205128, 0.02564102564102564, 0.045454545454545456, 0.0625, 0.07692307692307693, 0.025, 0.02127659574468085, 0.022727272727272728, 0.05405405405405406, 0.0, 0.05405405405405406, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.11428571428571428, 0.1388888888888889, 0.027777777777777776, 0.03571428571428571, 0.03571428571428571, 0.027777777777777776, 0.038461538461538464, 0.038461538461538464, 0.05555555555555555, 0.0, 0.0, 0.1, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0625, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03614457831325301, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.04285714285714286, 0.02857142857142857, 0.014705882352941176, 0.017543859649122806, 0.014285714285714285, 0.05084745762711865, 0.05084745762711865, 0.0, 0.02631578947368421, 0.024390243902439025, 0.05555555555555555, 0.0, 0.02702702702702703, 0.02857142857142857, 0.08823529411764706, 0.1111111111111111, 0.027777777777777776, 0.041666666666666664, 0.08695652173913043, 0.075, 0.12149532710280374, 0.0, 0.0, 0.18181818181818182, 0.037037037037037035, 0.027777777777777776, 0.04, 0.04, 0.0, 0.0, 0.10714285714285714, 0.09523809523809523, 0.03333333333333333, 0.027777777777777776, 0.05555555555555555, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.08108108108108109, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.21739130434782608, 0.08333333333333333, 0.02564102564102564, 0.21428571428571427, 0.0410958904109589, 0.0, 0.08108108108108109, 0.0, 0.07692307692307693, 0.0, 0.06060606060606061, 0.05405405405405406, 0.027777777777777776, 0.08333333333333333, 0.0, 0.0, 0.06060606060606061, 0.05714285714285714, 0.0, 0.02531645569620253, 0.022727272727272728, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08571428571428572, 0.0, 0.029411764705882353, 0.0, 0.05128205128205128, 0.0, 0.07142857142857142, 0.0625, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.14705882352941177, 0.07142857142857142, 0.05714285714285714, 0.10204081632653061, 0.0, 0.1276595744680851, 0.03669724770642202, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08108108108108109, 0.08823529411764706, 0.1388888888888889, 0.04, 0.10810810810810811, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08571428571428572, 0.041666666666666664, 0.05405405405405406, 0.058823529411764705, 0.0, 0.02564102564102564, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07142857142857142, 0.0, 0.08108108108108109, 0.0, 0.07692307692307693, 0.0, 0.0, 0.05405405405405406, 0.05128205128205128, 0.0, 0.05405405405405406, 0.0, 0.0, 0.029411764705882353, 0.02857142857142857, 0.0, 0.10810810810810811, 0.0, 0.03571428571428571, 0.05128205128205128, 0.02702702702702703, 0.02631578947368421, 0.07894736842105263, 0.02564102564102564, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06896551724137931, 0.05263157894736842, 0.11428571428571428, 0.02702702702702703, 0.0, 0.058823529411764705, 0.05128205128205128, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.02702702702702703, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.011111111111111112, 0.0, 0.05405405405405406, 0.08108108108108109, 0.07894736842105263, 0.05263157894736842, 0.02564102564102564, 0.10526315789473684, 0.07894736842105263, 0.17142857142857143, 0.07142857142857142, 0.0, 0.015873015873015872, 0.05263157894736842, 0.05405405405405406, 0.13513513513513514, 0.0136986301369863, 0.10526315789473684, 0.05263157894736842, 0.02631578947368421, 0.07692307692307693, 0.07894736842105263, 0.07407407407407407, 0.05128205128205128, 0.0, 0.047619047619047616, 0.0, 0.0625, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0, 0.16666666666666666, 0.025, 0.0, 0.05405405405405406, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.15, 0.05405405405405406, 0.05128205128205128, 0.05405405405405406, 0.02564102564102564, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.02857142857142857, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.09615384615384616, 0.05405405405405406, 0.047619047619047616, 0.043478260869565216, 0.10526315789473684, 0.05263157894736842, 0.13636363636363635, 0.03389830508474576, 0.025, 0.07142857142857142, 0.125, 0.0, 0.0625, 0.0, 0.0, 0.05405405405405406, 0.08333333333333333, 0.030303030303030304, 0.16666666666666666, 0.08333333333333333, 0.0, 0.030303030303030304, 0.018691588785046728, 0.08163265306122448, 0.02564102564102564, 0.043478260869565216, 0.023809523809523808, 0.029411764705882353, 0.12121212121212122, 0.029411764705882353, 0.058823529411764705, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.125, 0.019230769230769232, 0.047619047619047616, 0.0, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0975609756097561, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.030303030303030304, 0.07017543859649122, 0.05555555555555555, 0.0, 0.06666666666666667, 0.06, 0.0, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.1, 0.0, 0.041666666666666664, 0.03508771929824561, 0.0, 0.038461538461538464, 0.0, 0.03571428571428571, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.023255813953488372, 0.0, 0.037037037037037035, 0.0851063829787234, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.03636363636363636, 0.029850746268656716, 0.06521739130434782, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0425531914893617, 0.0425531914893617, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03125, 0.0, 0.041666666666666664, 0.07142857142857142, 0.0, 0.02702702702702703, 0.02702702702702703, 0.00847457627118644, 0.09615384615384616, 0.037037037037037035, 0.034482758620689655, 0.0, 0.011764705882352941, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03260869565217391, 0.025, 0.028985507246376812, 0.0, 0.046153846153846156, 0.046875, 0.06153846153846154, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.0, 0.03773584905660377, 0.018518518518518517, 0.09090909090909091, 0.0, 0.03571428571428571, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.4, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.2857142857142857, 0.0, 0.0, 0.03636363636363636, 0.01818181818181818, 0.0, 0.0, 0.0, 0.11363636363636363, 0.0, 0.02, 0.043478260869565216, 0.0]) list([0.0, 0.1])] to numeric
Hello,
I am using the 4SUtagger.py for my mouse RNAseq data with this command :
4SUtagger.py ${bam} \ --R2_based \ -known ${params.known_variants} \ -reference ${params.reference_fasta} \ -temp_dir ${params.temp_dir} \ -tagthreads 8 \ -introns ${params.introns} \ -exons ${params.exons} \ -o tagged.bam \ > ${params.logdir}/tag_trans/tag_${library}.stdout \ 2> ${params.logdir}/tag_trans/tag_${library}.stderrHowever, I receive the error below
Is it something wrong from my end?
Thanks in advance,
Anna
/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/bin/4SUtagger.py:464: UserWarning: You passed a edgecolor/edgecolors ('black') for an unfilled marker ('+'). Matplotlib is ignoring the edgecolor in favor of the facecolor. This behavior may change in the future. plt.scatter( /fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/bin/4SUtagger.py:471: UserWarning: You passed a edgecolor/edgecolors ('black') for an unfilled marker ('+'). Matplotlib is ignoring the edgecolor in favor of the facecolor. This behavior may change in the future. plt.scatter( Traceback (most recent call last): File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/bin/4SUtagger.py", line 502, in <module> for gene in expression_matrix.mean(1).sort_values()[-100:].index: File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame.py", line 11700, in mean result = super().mean(axis, skipna, numeric_only, **kwargs) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/generic.py", line 12439, in mean return self._stat_function( File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/generic.py", line 12396, in _stat_function return self._reduce( File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame.py", line 11569, in _reduce res = df._mgr.reduce(blk_func) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/internals/managers.py", line 1500, in reduce nbs = blk.reduce(func) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/internals/blocks.py", line 406, in reduce result = func(self.values) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/frame.py", line 11488, in blk_func return op(values, axis=axis, skipna=skipna, **kwds) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 147, in f result = alt(values, axis=axis, skipna=skipna, **kwds) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 404, in new_func result = func(values, axis=axis, skipna=skipna, mask=mask, **kwargs) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 720, in nanmean the_sum = _ensure_numeric(the_sum) File "/fast/home/a/aantona/miniforge3/envs/scmo_v141/lib/python3.10/site-packages/pandas/core/nanops.py", line 1686, in _ensure_numeric raise TypeError(f"Could not convert {x} to numeric") TypeError: Could not convert [list([0.0, 0.058823529411764705, 0.06060606060606061, 0.125, 0.13043478260869565, 0.11764705882352941, 0.08695652173913043, 0.0, 0.0, 0.08, 0.0, 0.07407407407407407, 0.0, 0.1111111111111111, 0.0, 0.06060606060606061, 0.13333333333333333, 0.10869565217391304, 0.09090909090909091, 0.030303030303030304, 0.07692307692307693, 0.08333333333333333, 0.13725490196078433, 0.04285714285714286, 0.0, 0.0, 0.03773584905660377, 0.0, 0.0, 0.03333333333333333, 0.09090909090909091, 0.0, 0.0, 0.05454545454545454, 0.05172413793103448, 0.01694915254237288, 0.08, 0.1, 0.07317073170731707, 0.0, 0.0, 0.047619047619047616, 0.029411764705882353, 0.05714285714285714, 0.16666666666666666, 0.058823529411764705, 0.0, 0.09090909090909091, 0.038461538461538464, 0.0, 0.0625, 0.024390243902439025, 0.02631578947368421, 0.07894736842105263, 0.0, 0.02040816326530612, 0.1, 0.0, 0.0425531914893617, 0.0, 0.034482758620689655, 0.058823529411764705, 0.075, 0.0, 0.0196078431372549, 0.0, 0.02702702702702703, 0.058823529411764705, 0.0, 0.08333333333333333, 0.023809523809523808, 0.03333333333333333, 0.0, 0.0, 0.10344827586206896, 0.0, 0.014084507042253521, 0.0, 0.02857142857142857, 0.09523809523809523, 0.14285714285714285, 0.03333333333333333, 0.06451612903225806, 0.017241379310344827, 0.05357142857142857, 0.03125, 0.0, 0.02127659574468085, 0.047619047619047616, 0.011764705882352941, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0847457627118644, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.13043478260869565, 0.0, 0.0, 0.07246376811594203, 0.05, 0.017543859649122806, 0.05555555555555555, 0.11904761904761904, 0.030303030303030304, 0.13513513513513514, 0.0, 0.06818181818181818, 0.037037037037037035, 0.03773584905660377, 0.04411764705882353, 0.0, 0.03389830508474576, 0.02564102564102564, 0.0, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.0, 0.09375, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.030303030303030304, 0.03773584905660377, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.03076923076923077, 0.03278688524590164, 0.0, 0.046875, 0.0, 0.0, 0.031446540880503145, 0.11475409836065574, 0.0, 0.0, 0.08695652173913043, 0.02654867256637168, 0.030303030303030304, 0.0, 0.017543859649122806, 0.0, 0.016129032258064516, 0.0, 0.0, 0.0, 0.10526315789473684, 0.0, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.13333333333333333, 0.15384615384615385, 0.0, 0.08695652173913043, 0.0, 0.04, 0.0, 0.07142857142857142, 0.15, 0.0, 0.027777777777777776, 0.13432835820895522, 0.06666666666666667, 0.08, 0.019230769230769232, 0.07894736842105263, 0.046511627906976744, 0.02564102564102564, 0.012345679012345678, 0.0, 0.06451612903225806, 0.0, 0.0, 0.04, 0.0, 0.058823529411764705, 0.027777777777777776, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.00980392156862745, 0.018867924528301886, 0.027777777777777776, 0.0, 0.058823529411764705, 0.08771929824561403, 0.047619047619047616, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.044444444444444446, 0.06666666666666667, 0.0625, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04, 0.125, 0.11764705882352941, 0.0, 0.0, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.2, 0.022727272727272728, 0.0, 0.05714285714285714, 0.02, 0.10810810810810811, 0.02564102564102564, 0.13333333333333333, 0.0, 0.0, 0.07407407407407407, 0.06060606060606061, 0.05405405405405406, 0.04878048780487805, 0.02564102564102564, 0.038461538461538464, 0.01818181818181818, 0.05660377358490566, 0.1, 0.0, 0.06896551724137931, 0.02564102564102564, 0.0, 0.0967741935483871, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.014925373134328358, 0.0, 0.03333333333333333, 0.0, 0.03636363636363636, 0.06060606060606061, 0.0625, 0.0625, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.1, 0.03225806451612903, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.0, 0.0, 0.0392156862745098, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0, 0.05357142857142857, 0.0196078431372549, 0.037037037037037035, 0.06451612903225806, 0.011363636363636364, 0.08108108108108109, 0.0, 0.022900763358778626, 0.0, 0.0, 0.0, 0.125, 0.02857142857142857, 0.075, 0.07142857142857142, 0.0, 0.0, 0.09523809523809523, 0.022222222222222223, 0.07142857142857142, 0.0, 0.14583333333333334, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.0, 0.024390243902439025, 0.06382978723404255, 0.0, 0.16, 0.029411764705882353, 0.06666666666666667, 0.05555555555555555, 0.0, 0.046511627906976744, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.1, 0.05263157894736842, 0.05, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.025, 0.02531645569620253, 0.0, 0.06521739130434782, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.020833333333333332, 0.046511627906976744, 0.0, 0.034482758620689655, 0.0, 0.15625, 0.0, 0.041666666666666664, 0.0, 0.10256410256410256, 0.03225806451612903, 0.0, 0.0, 0.06451612903225806, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07692307692307693, 0.0, 0.06666666666666667, 0.0, 0.05263157894736842, 0.030303030303030304, 0.0, 0.04081632653061224, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03125, 0.05172413793103448, 0.06666666666666667, 0.06451612903225806, 0.0, 0.07894736842105263, 0.04878048780487805, 0.0, 0.0, 0.02, 0.0, 0.03636363636363636, 0.0, 0.0, 0.0, 0.023255813953488372, 0.16666666666666666, 0.02127659574468085, 0.16666666666666666, 0.1, 0.1, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06896551724137931, 0.0, 0.03225806451612903, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.1, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.047619047619047616, 0.0, 0.022222222222222223, 0.0, 0.022727272727272728, 0.0, 0.01694915254237288, 0.05405405405405406, 0.0, 0.0, 0.02127659574468085, 0.0, 0.06, 0.06896551724137931, 0.10526315789473684, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.125, 0.0, 0.05660377358490566, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.1, 0.07692307692307693, 0.0, 0.03225806451612903, 0.023809523809523808, 0.046511627906976744, 0.07317073170731707, 0.044444444444444446, 0.0, 0.15384615384615385, 0.014084507042253521, 0.0, 0.10869565217391304, 0.06521739130434782, 0.0, 0.022727272727272728, 0.0, 0.023809523809523808, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08333333333333333, 0.0, 0.05405405405405406, 0.043478260869565216, 0.038461538461538464, 0.041666666666666664, 0.06666666666666667, 0.06666666666666667, 0.2222222222222222, 0.04878048780487805, 0.06349206349206349, 0.06666666666666667, 0.07692307692307693, 0.07692307692307693, 0.0, 0.05555555555555555, 0.05555555555555555, 0.07142857142857142, 0.0, 0.0, 0.014925373134328358, 0.05454545454545454, 0.0, 0.05128205128205128, 0.0, 0.05405405405405406, 0.0625, 0.034482758620689655, 0.034482758620689655, 0.0967741935483871, 0.037037037037037035, 0.13636363636363635, 0.0375, 0.058823529411764705, 0.027777777777777776, 0.025, 0.015873015873015872, 0.05, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.03225806451612903, 0.08333333333333333, 0.0, 0.07575757575757576, 0.0, 0.022988505747126436, 0.06451612903225806, 0.030303030303030304, 0.0, 0.047619047619047616, 0.0, 0.11320754716981132, 0.16666666666666666, 0.0, 0.05, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.021739130434782608, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.02857142857142857, 0.045454545454545456, 0.17391304347826086, 0.0, 0.0, 0.07692307692307693, 0.06976744186046512, 0.0, 0.1, 0.041666666666666664, 0.04838709677419355, 0.0, 0.09090909090909091, 0.023809523809523808, 0.023809523809523808, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04081632653061224, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07547169811320754, 0.02, 0.0, 0.0, 0.021505376344086023, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.09090909090909091, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.11428571428571428, 0.125, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.016129032258064516, 0.016129032258064516, 0.0, 0.034482758620689655, 0.02857142857142857, 0.08771929824561403, 0.0, 0.09090909090909091, 0.0, 0.017543859649122806, 0.06666666666666667, 0.02631578947368421, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04838709677419355, 0.015873015873015872, 0.0, 0.09375, 0.0196078431372549, 0.0196078431372549, 0.05555555555555555, 0.034482758620689655, 0.0, 0.02531645569620253, 0.09302325581395349, 0.0, 0.0, 0.09090909090909091, 0.0, 0.029411764705882353, 0.044444444444444446, 0.058823529411764705, 0.0, 0.03296703296703297, 0.009433962264150943, 0.0847457627118644, 0.09090909090909091, 0.0, 0.044444444444444446, 0.0, 0.025974025974025976, 0.043478260869565216, 0.08823529411764706, 0.06666666666666667, 0.0, 0.027777777777777776, 0.0, 0.0, 0.10526315789473684, 0.05128205128205128, 0.0, 0.0, 0.05357142857142857, 0.0, 0.01818181818181818, 0.0, 0.06818181818181818, 0.07142857142857142, 0.06060606060606061, 0.16666666666666666, 0.04, 0.0, 0.05, 0.014492753623188406, 0.0, 0.04, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0625, 0.02666666666666667, 0.0, 0.06451612903225806, 0.10714285714285714, 0.0, 0.043478260869565216, 0.05405405405405406, 0.06666666666666667, 0.07692307692307693, 0.046511627906976744, 0.08333333333333333, 0.04285714285714286, 0.0851063829787234, 0.0, 0.02127659574468085, 0.0, 0.06521739130434782, 0.03529411764705882, 0.08333333333333333, 0.0, 0.0, 0.037037037037037035, 0.0, 0.08695652173913043, 0.0851063829787234, 0.0, 0.0, 0.023255813953488372, 0.0, 0.04878048780487805, 0.06451612903225806, 0.043478260869565216, 0.030303030303030304, 0.0, 0.019230769230769232, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.0, 0.09090909090909091, 0.0, 0.0, 0.03225806451612903, 0.0, 0.2, 0.058823529411764705, 0.0, 0.1111111111111111, 0.09090909090909091, 0.05263157894736842, 0.08333333333333333, 0.1111111111111111, 0.0, 0.0, 0.04878048780487805, 0.030303030303030304, 0.034482758620689655, 0.041666666666666664, 0.044444444444444446, 0.017241379310344827, 0.08333333333333333, 0.024390243902439025, 0.0, 0.023255813953488372, 0.0, 0.0, 0.06666666666666667, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.043478260869565216, 0.0851063829787234, 0.0, 0.07692307692307693, 0.037037037037037035, 0.0, 0.1111111111111111, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.15384615384615385, 0.06666666666666667, 0.0, 0.02040816326530612, 0.08571428571428572, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.0, 0.03571428571428571, 0.018518518518518517, 0.02, 0.0, 0.0, 0.044444444444444446, 0.11538461538461539, 0.0, 0.04, 0.0, 0.05263157894736842, 0.16666666666666666, 0.11538461538461539, 0.019801980198019802, 0.0, 0.0, 0.1, 0.0, 0.0, 0.03333333333333333, 0.03333333333333333, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07407407407407407, 0.07142857142857142, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06451612903225806, 0.06060606060606061, 0.13333333333333333, 0.0, 0.0, 0.09302325581395349, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.14285714285714285, 0.0, 0.0, 0.07317073170731707, 0.07142857142857142, 0.0625, 0.08695652173913043, 0.06818181818181818, 0.0, 0.061224489795918366, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03125, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.027777777777777776, 0.017241379310344827, 0.0, 0.022727272727272728, 0.0, 0.0, 0.0, 0.04, 0.0, 0.0, 0.125]) list([0.046511627906976744, 0.0, 0.02, 0.038461538461538464, 0.0, 0.03076923076923077, 0.0, 0.061224489795918366, 0.0, 0.05128205128205128, 0.0, 0.0, 0.13333333333333333, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.0, 0.058823529411764705, 0.06666666666666667, 0.05405405405405406, 0.07142857142857142, 0.05714285714285714, 0.0, 0.057692307692307696, 0.0, 0.0, 0.04, 0.11764705882352941, 0.09375, 0.0, 0.0, 0.07017543859649122, 0.0, 0.047619047619047616, 0.037037037037037035, 0.06153846153846154, 0.0, 0.0, 0.0, 0.02631578947368421, 0.045454545454545456, 0.08333333333333333, 0.06, 0.05, 0.046511627906976744, 0.0, 0.041666666666666664, 0.043478260869565216, 0.10810810810810811, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.16666666666666666, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]) list([0.030303030303030304, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.08695652173913043]) ... list([0.0]) list([0.125, 0.024390243902439025, 0.1111111111111111, 0.06666666666666667, 0.038461538461538464, 0.0, 0.017857142857142856, 0.08333333333333333, 0.0, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.0, 0.14285714285714285, 0.08108108108108109, 0.038461538461538464, 0.043478260869565216, 0.08695652173913043, 0.043478260869565216, 0.125, 0.09090909090909091, 0.07142857142857142, 0.0, 0.16666666666666666, 0.03571428571428571, 0.3333333333333333, 0.125, 0.04, 0.041666666666666664, 0.058823529411764705, 0.037037037037037035, 0.03225806451612903, 0.04, 0.0, 0.041666666666666664, 0.05128205128205128, 0.02564102564102564, 0.045454545454545456, 0.0625, 0.07692307692307693, 0.025, 0.02127659574468085, 0.022727272727272728, 0.05405405405405406, 0.0, 0.05405405405405406, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.11428571428571428, 0.1388888888888889, 0.027777777777777776, 0.03571428571428571, 0.03571428571428571, 0.027777777777777776, 0.038461538461538464, 0.038461538461538464, 0.05555555555555555, 0.0, 0.0, 0.1, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0625, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03614457831325301, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.04285714285714286, 0.02857142857142857, 0.014705882352941176, 0.017543859649122806, 0.014285714285714285, 0.05084745762711865, 0.05084745762711865, 0.0, 0.02631578947368421, 0.024390243902439025, 0.05555555555555555, 0.0, 0.02702702702702703, 0.02857142857142857, 0.08823529411764706, 0.1111111111111111, 0.027777777777777776, 0.041666666666666664, 0.08695652173913043, 0.075, 0.12149532710280374, 0.0, 0.0, 0.18181818181818182, 0.037037037037037035, 0.027777777777777776, 0.04, 0.04, 0.0, 0.0, 0.10714285714285714, 0.09523809523809523, 0.03333333333333333, 0.027777777777777776, 0.05555555555555555, 0.0, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.041666666666666664, 0.0, 0.0, 0.08108108108108109, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.21739130434782608, 0.08333333333333333, 0.02564102564102564, 0.21428571428571427, 0.0410958904109589, 0.0, 0.08108108108108109, 0.0, 0.07692307692307693, 0.0, 0.06060606060606061, 0.05405405405405406, 0.027777777777777776, 0.08333333333333333, 0.0, 0.0, 0.06060606060606061, 0.05714285714285714, 0.0, 0.02531645569620253, 0.022727272727272728, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08571428571428572, 0.0, 0.029411764705882353, 0.0, 0.05128205128205128, 0.0, 0.07142857142857142, 0.0625, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.14705882352941177, 0.07142857142857142, 0.05714285714285714, 0.10204081632653061, 0.0, 0.1276595744680851, 0.03669724770642202, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08108108108108109, 0.08823529411764706, 0.1388888888888889, 0.04, 0.10810810810810811, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.0, 0.08571428571428572, 0.041666666666666664, 0.05405405405405406, 0.058823529411764705, 0.0, 0.02564102564102564, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.0, 0.07142857142857142, 0.0, 0.08108108108108109, 0.0, 0.07692307692307693, 0.0, 0.0, 0.05405405405405406, 0.05128205128205128, 0.0, 0.05405405405405406, 0.0, 0.0, 0.029411764705882353, 0.02857142857142857, 0.0, 0.10810810810810811, 0.0, 0.03571428571428571, 0.05128205128205128, 0.02702702702702703, 0.02631578947368421, 0.07894736842105263, 0.02564102564102564, 0.0, 0.0, 0.0, 0.06896551724137931, 0.05263157894736842, 0.11428571428571428, 0.02702702702702703, 0.0, 0.058823529411764705, 0.05128205128205128, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.02702702702702703, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.011111111111111112, 0.0, 0.05405405405405406, 0.08108108108108109, 0.07894736842105263, 0.05263157894736842, 0.02564102564102564, 0.10526315789473684, 0.07894736842105263, 0.17142857142857143, 0.07142857142857142, 0.0, 0.015873015873015872, 0.05263157894736842, 0.05405405405405406, 0.13513513513513514, 0.0136986301369863, 0.10526315789473684, 0.05263157894736842, 0.02631578947368421, 0.07692307692307693, 0.07894736842105263, 0.07407407407407407, 0.05128205128205128, 0.0, 0.047619047619047616, 0.0, 0.0625, 0.0, 0.02702702702702703, 0.0, 0.0, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0, 0.16666666666666666, 0.025, 0.0, 0.05405405405405406, 0.05714285714285714, 0.0, 0.0, 0.05263157894736842, 0.15, 0.05405405405405406, 0.05128205128205128, 0.05405405405405406, 0.02564102564102564, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.02857142857142857, 0.05263157894736842, 0.0, 0.0, 0.09615384615384616, 0.05405405405405406, 0.047619047619047616, 0.043478260869565216, 0.10526315789473684, 0.05263157894736842, 0.13636363636363635, 0.03389830508474576, 0.025, 0.07142857142857142, 0.125, 0.0, 0.0625, 0.0, 0.0, 0.05405405405405406, 0.08333333333333333, 0.030303030303030304, 0.16666666666666666, 0.08333333333333333, 0.0, 0.030303030303030304, 0.018691588785046728, 0.08163265306122448, 0.02564102564102564, 0.043478260869565216, 0.023809523809523808, 0.029411764705882353, 0.12121212121212122, 0.029411764705882353, 0.058823529411764705, 0.037037037037037035, 0.0, 0.0, 0.125, 0.019230769230769232, 0.047619047619047616, 0.0, 0.02857142857142857, 0.0, 0.0975609756097561, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.030303030303030304, 0.07017543859649122, 0.05555555555555555, 0.0, 0.06666666666666667, 0.06, 0.0, 0.0, 0.0, 0.038461538461538464, 0.1, 0.0, 0.041666666666666664, 0.03508771929824561, 0.0, 0.038461538461538464, 0.0, 0.03571428571428571, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.023255813953488372, 0.0, 0.037037037037037035, 0.0851063829787234, 0.0, 0.0, 0.0, 0.05555555555555555, 0.03636363636363636, 0.029850746268656716, 0.06521739130434782, 0.0, 0.030303030303030304, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0425531914893617, 0.0425531914893617, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03125, 0.0, 0.041666666666666664, 0.07142857142857142, 0.0, 0.02702702702702703, 0.02702702702702703, 0.00847457627118644, 0.09615384615384616, 0.037037037037037035, 0.034482758620689655, 0.0, 0.011764705882352941, 0.0, 0.0, 0.0, 0.03260869565217391, 0.025, 0.028985507246376812, 0.0, 0.046153846153846156, 0.046875, 0.06153846153846154, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.043478260869565216, 0.0, 0.03773584905660377, 0.018518518518518517, 0.09090909090909091, 0.0, 0.03571428571428571, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.4, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.2857142857142857, 0.0, 0.0, 0.03636363636363636, 0.01818181818181818, 0.0, 0.0, 0.0, 0.11363636363636363, 0.0, 0.02, 0.043478260869565216, 0.0]) list([0.0, 0.1])] to numeric