Analysen kan enbart beställas av gruppen Klinisk Mikrobiologi. - Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. - Typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. - Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics. + Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, + resultaten gäller för provet såsom det har mottagits.Typningen + begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt + tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder.
++ Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen + som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de + fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som + analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics. +
++ Clinical Genomics har verifierat och validerat resultaten för följande organismer: +
+diff --git a/microSALT/utils/referencer.py b/microSALT/utils/referencer.py index d76d8cde..357b4dee 100644 --- a/microSALT/utils/referencer.py +++ b/microSALT/utils/referencer.py @@ -1,5 +1,5 @@ """Compares existing organism references with available and updates as needed - By: Isak Sylvin, @sylvinite""" +By: Isak Sylvin, @sylvinite""" #!/usr/bin/env python import glob @@ -8,13 +8,13 @@ import shutil import subprocess import urllib.request -from Bio import Entrez -from typing import Tuple, Union, Optional import xml.etree.ElementTree as ET +from typing import Optional, Tuple, Union + +from Bio import Entrez -from microSALT.utils.pubmlst.client import BaseClient, PubMLSTClient, get_client -from microSALT.utils.pubmlst.authentication import ClientAuthentication from microSALT.store.db_manipulator import DB_Manipulator +from microSALT.utils.pubmlst.client import BaseClient, get_client from microSALT.utils.pubmlst.exceptions import InvalidURLError, PubMLSTError from microSALT.utils.pubmlst.helpers import get_service_by_url @@ -68,16 +68,16 @@ def identify_new(self, cg_id="", project=False): if ref not in self.organisms and org not in neworgs: neworgs.append(org) if ( - not "{}.fasta".format(entry.get("reference")) - in os.listdir(self.config["folders"]["genomes"]) - and not entry.get("reference") in newrefs + "{}.fasta".format(entry.get("reference")) + not in os.listdir(self.config["folders"]["genomes"]) + and entry.get("reference") not in newrefs ): newrefs.append(entry.get("reference")) for org in neworgs: self.add_pubmlst(org) for org in newrefs: self.download_ncbi(org) - except Exception as e: + except Exception: self.logger.error( "Unable to retrieve reference! Analysis using said reference will fail!" ) @@ -128,7 +128,7 @@ def index_db(self, full_dir, suffix): ) proc = subprocess.Popen(bash_cmd.split(), cwd=full_dir, stdout=subprocess.PIPE) proc.communicate() - except Exception as e: + except Exception: self.logger.error( "Unable to index requested target {} in {}".format(file, full_dir) ) @@ -152,12 +152,12 @@ def _find_entry_for_organism( """Find the XML entry for a given organism name.""" organism_name = organism_name.lower().replace(" ", "_") for entry in root: - species = entry.text.strip() - organ: str = species.lower().replace(" ", "_") + species = entry.text.strip().lower().split(" ")[:2] + organ: str = "_".join(species) if "escherichia_coli" in organ and "#1" in organ: - organ: str = organ[:-2] - if organism_name.split("_")[0] == "escherichia": - return entry, organ + if organism_name.startswith("escherichia"): + organ_no_suffix: str = organ[:-2] + return entry, organ_no_suffix if organ == organism_name: return entry, organ return None, None @@ -267,8 +267,9 @@ def fetch_external(self) -> None: return try: for entry in root: - species = entry.text.strip() - organ = species.lower().replace(" ", "_") + # Some species have extra names that are not expected, such as Klebsiella pneumoniae species complex, when we expect just Klebsiella pneumoniae + species = entry.text.strip().lower.split(" ")[:2] + organ = "_".join(species) if "escherichia_coli" in organ and "#1" in organ: organ = organ[:-2] if organ in self.organisms: @@ -352,7 +353,7 @@ def fetch_resistances(self, force=False): stderr=subprocess.STDOUT, ) output, error = process.communicate() - if not "Already up-to-date." in str(output): + if "Already up-to-date." not in str(output): self.logger.info("Remote resFinder database updated. Syncing...") wipeIndex = True else: @@ -427,7 +428,7 @@ def download_ncbi(self, reference): ) out, err = proc.communicate() self.logger.info("Downloaded reference {}".format(reference)) - except Exception as e: + except Exception: self.logger.warning("Unable to download genome '{}' from NCBI".format(reference)) def add_pubmlst(self, organism: str): @@ -452,7 +453,7 @@ def add_pubmlst(self, organism: str): if not subtype["description"].lower().startswith(part): missingPart = True else: - if not part in subtype["description"].lower(): + if part not in subtype["description"].lower(): missingPart = True if not missingPart: # Seqdef always appear after isolates, so this is fine