From d9a1fd827df55b79a30fc97d37ab58f49f29d40f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: karlnyr Date: Fri, 7 Nov 2025 10:39:03 +0100 Subject: [PATCH 1/6] alter species parsing from url --- microSALT/utils/referencer.py | 31 ++++++++++++++++--------------- 1 file changed, 16 insertions(+), 15 deletions(-) diff --git a/microSALT/utils/referencer.py b/microSALT/utils/referencer.py index d76d8cde..55d21211 100644 --- a/microSALT/utils/referencer.py +++ b/microSALT/utils/referencer.py @@ -1,5 +1,5 @@ """Compares existing organism references with available and updates as needed - By: Isak Sylvin, @sylvinite""" +By: Isak Sylvin, @sylvinite""" #!/usr/bin/env python import glob @@ -8,13 +8,13 @@ import shutil import subprocess import urllib.request -from Bio import Entrez -from typing import Tuple, Union, Optional import xml.etree.ElementTree as ET +from typing import Optional, Tuple, Union + +from Bio import Entrez -from microSALT.utils.pubmlst.client import BaseClient, PubMLSTClient, get_client -from microSALT.utils.pubmlst.authentication import ClientAuthentication from microSALT.store.db_manipulator import DB_Manipulator +from microSALT.utils.pubmlst.client import BaseClient, get_client from microSALT.utils.pubmlst.exceptions import InvalidURLError, PubMLSTError from microSALT.utils.pubmlst.helpers import get_service_by_url @@ -68,16 +68,16 @@ def identify_new(self, cg_id="", project=False): if ref not in self.organisms and org not in neworgs: neworgs.append(org) if ( - not "{}.fasta".format(entry.get("reference")) - in os.listdir(self.config["folders"]["genomes"]) - and not entry.get("reference") in newrefs + "{}.fasta".format(entry.get("reference")) + not in os.listdir(self.config["folders"]["genomes"]) + and entry.get("reference") not in newrefs ): newrefs.append(entry.get("reference")) for org in neworgs: self.add_pubmlst(org) for org in newrefs: self.download_ncbi(org) - except Exception as e: + except Exception: self.logger.error( "Unable to retrieve reference! Analysis using said reference will fail!" ) @@ -128,7 +128,7 @@ def index_db(self, full_dir, suffix): ) proc = subprocess.Popen(bash_cmd.split(), cwd=full_dir, stdout=subprocess.PIPE) proc.communicate() - except Exception as e: + except Exception: self.logger.error( "Unable to index requested target {} in {}".format(file, full_dir) ) @@ -267,8 +267,9 @@ def fetch_external(self) -> None: return try: for entry in root: - species = entry.text.strip() - organ = species.lower().replace(" ", "_") + # Some species have extra names that are not expected, such as Klebsiella pneumoniae species complex, when we expect just Klebsiella pneumoniae + species = entry.text.strip().lower.split(" ")[:2] + organ = "_".join(species) if "escherichia_coli" in organ and "#1" in organ: organ = organ[:-2] if organ in self.organisms: @@ -352,7 +353,7 @@ def fetch_resistances(self, force=False): stderr=subprocess.STDOUT, ) output, error = process.communicate() - if not "Already up-to-date." in str(output): + if "Already up-to-date." not in str(output): self.logger.info("Remote resFinder database updated. Syncing...") wipeIndex = True else: @@ -427,7 +428,7 @@ def download_ncbi(self, reference): ) out, err = proc.communicate() self.logger.info("Downloaded reference {}".format(reference)) - except Exception as e: + except Exception: self.logger.warning("Unable to download genome '{}' from NCBI".format(reference)) def add_pubmlst(self, organism: str): @@ -452,7 +453,7 @@ def add_pubmlst(self, organism: str): if not subtype["description"].lower().startswith(part): missingPart = True else: - if not part in subtype["description"].lower(): + if part not in subtype["description"].lower(): missingPart = True if not missingPart: # Seqdef always appear after isolates, so this is fine From 134b772fd7ef844fe0bee73fd51ea1a8dfcfde51 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: karlnyr Date: Fri, 7 Nov 2025 10:51:46 +0100 Subject: [PATCH 2/6] add list of verified organism to typing report --- microSALT/server/templates/typing_page.html | 5 +++++ 1 file changed, 5 insertions(+) diff --git a/microSALT/server/templates/typing_page.html b/microSALT/server/templates/typing_page.html index c167642e..253829dd 100644 --- a/microSALT/server/templates/typing_page.html +++ b/microSALT/server/templates/typing_page.html @@ -213,6 +213,11 @@

Analysbegränsningar för: {{topsample.application_tag}}

Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics. + Clinical Genomics har verifierat och validerat resultaten för följande organismer: + + {% for org in verified_organisms %} +
  • {{org}}
    • + {% endfor %}.

    Avvikelser från metoden

    From 28e7520f5853749cfd2a67c49ab339c608597cab Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: karlnyr Date: Fri, 7 Nov 2025 10:55:31 +0100 Subject: [PATCH 3/6] update version --- microSALT/__init__.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/microSALT/__init__.py b/microSALT/__init__.py index a0b8416e..b33329d4 100644 --- a/microSALT/__init__.py +++ b/microSALT/__init__.py @@ -12,7 +12,7 @@ from flask import Flask -__version__ = "4.2.5" +__version__ = "4.2.7" app = Flask(__name__, template_folder="server/templates") app.config.setdefault("SQLALCHEMY_DATABASE_URI", "sqlite:///:memory:") From 4802785d5e52a5cf6cf1d5aebe2468d514baf393 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: karlnyr Date: Mon, 10 Nov 2025 15:05:21 +0100 Subject: [PATCH 4/6] move list to its own ul section --- microSALT/server/templates/typing_page.html | 8 +++++--- 1 file changed, 5 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/microSALT/server/templates/typing_page.html b/microSALT/server/templates/typing_page.html index 253829dd..3a38fca3 100644 --- a/microSALT/server/templates/typing_page.html +++ b/microSALT/server/templates/typing_page.html @@ -213,12 +213,14 @@

    Analysbegränsningar för: {{topsample.application_tag}}

    Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics. + Clinical Genomics har verifierat och validerat resultaten för följande organismer: - +

    +
      {% for org in verified_organisms %}
    • {{org}}
      • - {% endfor %}. -

      + {% endfor %} +

    Avvikelser från metoden

    From 9777e68411d3850c181c7675368125c885884c16 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: karlnyr Date: Mon, 10 Nov 2025 15:05:42 +0100 Subject: [PATCH 5/6] add split to external reference split --- microSALT/utils/referencer.py | 10 +++++----- 1 file changed, 5 insertions(+), 5 deletions(-) diff --git a/microSALT/utils/referencer.py b/microSALT/utils/referencer.py index 55d21211..357b4dee 100644 --- a/microSALT/utils/referencer.py +++ b/microSALT/utils/referencer.py @@ -152,12 +152,12 @@ def _find_entry_for_organism( """Find the XML entry for a given organism name.""" organism_name = organism_name.lower().replace(" ", "_") for entry in root: - species = entry.text.strip() - organ: str = species.lower().replace(" ", "_") + species = entry.text.strip().lower().split(" ")[:2] + organ: str = "_".join(species) if "escherichia_coli" in organ and "#1" in organ: - organ: str = organ[:-2] - if organism_name.split("_")[0] == "escherichia": - return entry, organ + if organism_name.startswith("escherichia"): + organ_no_suffix: str = organ[:-2] + return entry, organ_no_suffix if organ == organism_name: return entry, organ return None, None From ef33d53f0a1f1a70bbafc25431e74171322de0b8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: karlnyr Date: Mon, 10 Nov 2025 15:38:41 +0100 Subject: [PATCH 6/6] stylised the text --- microSALT/server/templates/typing_page.html | 16 ++++++++++++---- 1 file changed, 12 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/microSALT/server/templates/typing_page.html b/microSALT/server/templates/typing_page.html index 3a38fca3..9ddb556a 100644 --- a/microSALT/server/templates/typing_page.html +++ b/microSALT/server/templates/typing_page.html @@ -210,10 +210,18 @@

    Teknisk beskrivning av analysen: {{topsample.application_tag}}

    Analysbegränsningar för: {{topsample.application_tag}}

    Analysen kan enbart beställas av gruppen Klinisk Mikrobiologi. - Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. - Typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. - Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics. - + Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, + resultaten gäller för provet såsom det har mottagits.Typningen + begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt + tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. +

    +

    + Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen + som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de + fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som + analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics. +

    +

    Clinical Genomics har verifierat och validerat resultaten för följande organismer: