Update README.md

.vscode/c_cpp_properties.json

@@ -0,0 +1,16 @@
+{
+    "configurations": [
+        {
+            "name": "Linux",
+            "includePath": [
+                "${default}"
+            ],
+            "defines": [],
+            "compilerPath": "/usr/bin/gcc",
+            "cStandard": "c17",
+            "cppStandard": "gnu++17",
+            "intelliSenseMode": "linux-gcc-x64"
+        }
+    ],
+    "version": 4
+}

.vscode/settings.json

@@ -0,0 +1,25 @@
+{
+    "boost-test-adapter-calendur.tests": [
+        {
+            "testExecutables": [
+                {
+                    "glob": "**/*{_test,_test.exe}"
+                }
+            ],
+            "debugConfig": "Test Config"
+        }
+    ],
+    "boost-test-adapter-robaho.tests": [
+        {
+            "testExecutables": [
+                {
+                    "glob": "**/*{_test,_test.exe}"
+                }
+            ],
+            "debugConfig": "Test Config"
+        }
+    ],
+    "python.analysis.extraPaths": [
+        "./script"
+    ]
+}

CMakeLists.txt

@@ -1,9 +1,43 @@
-cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
+cmake_minimum_required(VERSION 3.16)
 
 project(EigenDNN)
 
-set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++0x")
-find_package (Eigen3 3.3 REQUIRED NO_MODULE)
+# Configurações do compilador C++
+set(CMAKE_CXX_STANDARD 17)
+set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
+set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++17 -O3 -Wall -Wextra")
 
+# Encontrar dependências
+find_package(Eigen3 3.3 REQUIRED NO_MODULE)
+
+# Incluir diretórios de header
+include_directories(src)
+
+# Adicionar subdiretórios
 add_subdirectory(src)
-#add_subdirectory(example/simple_main)
+add_subdirectory(example/simple_main)
+
+# Exemplo de bioinformática
+add_executable(bioinformatics_example example/bioinformatics_main.cpp)
+target_link_libraries(bioinformatics_example Eigen3::Eigen)
+target_include_directories(bioinformatics_example PRIVATE src)
+
+# Configurações de instalação
+install(TARGETS bioinformatics_example DESTINATION bin)
+
+# Configurações de debug/release
+if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Debug")
+    set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -g -DDEBUG")
+    message(STATUS "Debug mode enabled")
+else()
+    set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -DNDEBUG")
+    message(STATUS "Release mode enabled")
+endif()
+
+# Informações do projeto
+message(STATUS "=== Sistema Integrado de Bioinformática ===")
+message(STATUS "Projeto: ${PROJECT_NAME}")
+message(STATUS "Versão: 2.0 - IA Melhorada")
+message(STATUS "C++ Standard: ${CMAKE_CXX_STANDARD}")
+message(STATUS "Build Type: ${CMAKE_BUILD_TYPE}")
+message(STATUS "===========================================")

GETTING_STARTED.md

@@ -0,0 +1,133 @@
+# 🧬 Sistema de Bioinformática C++ - Deep Neural Network
+
+Um sistema avançado de análise de sequências de proteínas usando redes neurais profundas em C++, com foco especial no tratamento de códons inválidos e análise de impacto IA.
+
+## 🚀 Funcionalidades Principais
+
+### ✅ Validação de Sequências
+- **Detecção de códons inválidos**: Identifica e trata códons como `?`, `*`, `-`
+- **Limpeza automática**: Remove ou substitui resíduos inválidos
+- **Relatórios detalhados**: Gera relatórios completos de validação
+- **Suporte a resíduos ambíguos**: Trata códons como `X`, `B`, `Z`, `J`, `U`, `O`
+
+### 📁 Versionamento de Modelos
+- **Backup automático**: Modelos salvos com timestamp único
+- **Histórico completo**: Rastreamento de performance e configurações
+- **Metadados JSON**: Informações detalhadas de cada versão
+- **Recuperação fácil**: Carregamento de versões específicas
+
+### 📊 Análise de Impacto IA
+- **Logging detalhado**: Registra contribuições de features
+- **Métricas de confiança**: Classifica predições (ALTA/MÉDIA/BAIXA)
+- **Análise de importância**: Identifica features mais relevantes
+- **Correlações**: GC content vs impacto, comprimento vs performance
+
+### 📈 Visualização e Relatórios
+- **Relatórios HTML/PDF**: Documentação completa com gráficos
+- **Scripts Python**: Geração automática de visualizações
+- **Dashboards interativos**: Análise gráfica dos resultados
+- **Exportação CSV**: Dados prontos para análise externa
+
+## 🔧 Instalação e Configuração
+
+### Dependências
+
+#### C++
+```bash
+sudo apt install build-essential libeigen3-dev pkg-config
+```
+
+#### Python (para relatórios)
+```bash
+pip3 install pandas matplotlib seaborn jinja2 weasyprint numpy scipy
+```
+
+### Compilação
+
+```bash
+# Clonar/baixar o projeto
+cd CppDNN
+
+# Verificar dependências
+make check-deps
+
+# Instalar dependências Python
+make install-deps
+
+# Compilar projeto completo
+make all
+```
+
+## 📋 Uso Rápido
+
+### Exemplo Básico
+```bash
+# Executar análise de exemplo
+make run-example
+
+# Análise completa com relatórios
+make run-analysis
+
+# Testar especificamente códons inválidos
+make test-invalid-codons
+```
+
+## 🔍 Tratamento de Códons Inválidos
+
+### Problema Identificado
+O sistema agora detecta e trata automaticamente:
+
+- **`?` (códon incompleto)**: Códons não mapeados ou incompletos
+- **`*` (códon de parada)**: Stop codons em posições inadequadas  
+- **`-` (gaps)**: Lacunas na sequência
+- **Caracteres inválidos**: Qualquer resíduo não padrão
+
+### Solução Implementada
+
+1. **Validação Prévia**
+   ```cpp
+   auto result = dnn.ValidateProteinSequence(sequence, "Sequencia_Teste_002");
+   result.PrintReport(); // Mostra problemas encontrados
+   ```
+
+2. **Limpeza Automática**
+   ```cpp
+   std::string clean = dnn.CleanProteinSequence(sequence, true);
+   // Remove códons inválidos automaticamente
+   ```
+
+3. **Logging Detalhado**
+   ```cpp
+   dnn.GenerateValidationReport(sequences, ids);
+   // Cria relatório completo em ./dados/validacao/
+   ```
+
+## 🐛 Problemas Resolvidos
+
+### ⚠️ Códon inválido em Sequencia_Teste_002
+**Status**: ✅ **RESOLVIDO**
+
+- **Problema**: Presença de `?` indicando códons incompletos
+- **Solução**: Sistema de validação automática implementado
+- **Resultado**: Detecção, logging e limpeza automática
+- **Arquivos**: Relatórios em `./dados/validacao/`
+
+### 📁 Backup/Versão de Modelos  
+**Status**: ✅ **IMPLEMENTADO**
+
+- **Feature**: Versionamento automático com timestamp
+- **Benefício**: Histórico completo de treinamentos
+- **Uso**: `dnn.SaveVersionedModel("descrição")`
+- **Localização**: `./dados/modelos/v{timestamp}/`
+
+### 📈 Expansão do "Impacto IA"
+**Status**: ✅ **IMPLEMENTADO**
+
+- **Feature**: Logging detalhado de features e métricas
+- **Análise**: Correlações, importância, confiança
+- **Relatórios**: HTML/PDF com gráficos interativos
+- **Scripts**: Geração automática de visualizações
+
+---
+
+**Para usar o sistema, execute**: `make run-analysis`