OHWe25, Nuevos paquetes de R o Python para añadir al JupyterHub

[emiliom]

Añadan aquí los paquetes que utilizen en sus tutoriales, que no se encuentran ya disponibles en los entornos de Python y R en el JupyterHub. Para verificar si el paquete ya está incluído, consulten estos archivos por medio de una simple búsqueda (o pruébenlo directamente en JupyterLab o RStudio):

• Python:
  • conda-forge: https://github.com/nmfs-opensci/container-images/blob/main/images/py-rocket-oceanhw-esp/environment.yml https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/py-base/pixi.toml (la lista exhaustiva está en este archivo, pero es algo abrumador). Ojo: en el 2024 usamos Pixi para Python, pero voy a tratar de regresar a conda este año; por ahora, el archivo de configuración es el de pixi
• R:
  • CRAN y GitHub: https://github.com/nmfs-opensci/container-images/blob/main/images/py-rocket-oceanhw-esp/install.R (pero esta lista incluye solo los paquetes extras que hemos instalados)
  • conda-forge: https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/conda-linux-64.lock
  • CRAN (bloque marcado en amarillo): https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/Dockerfile#L90-L99
  • GitHub (bloque marcado en amarillo): https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/Dockerfile#L100-L111

Si no aparece ahí el nombre del paquete, por favor inclúyanlo en este issue lo antes posible. Yo lo añadiré a la "imagen" correspondiente.

Por cada petición de paquetes, incluyan:

• Python o R?
• Nombre del paquete
• Se encuentra en conda-forge? Pueden consultarlo aquí https://conda-forge.org/packages/. Incluir el nombre exacto usado en conda-forge, incluyendo letras mayúsculas o minúsculas
• Si no está en conda-forge, donde se encuentra? CRAN? PyPI? GitHub? Incluir el enlace a la fuente del paquete, y el nombre exacto usado en esa fuente. Si es en GitHub, incluyan el enlace al repositorio
• Una complicación con los paquetes de R que no están en conda-forge es que parece que la resolución de dependencias no funciona bien. Entonces, tenemos que extraer manualmente la lista de dependencias del paquete, para incluirlas explícitamente. Hay más detalles sobre esto en los intercambios del hackatón 2023, aquí: Nuevos paquetes de R o Python para añadir al JupyterHub #1 (comment)

Referencia: El issue del 2024, #10 (y del 2023, #1)

[nlois]

Buenas! Estoy corriendo el ejercicio de informes en RMD.
En mi computadora anda tanto como script y como notebook en RMD, por lo que creeria que no es problema de script.
Y es raro que el RStudio me indica package KableExtra required but not installed, pero luego parece levantarlo sin error cuando corro el require. Quiza hay algun problema en la instalacion.
Gracias!!

https://cran.r-project.org/web/packages/kableExtra/
https://github.com/haozhu233/kableExtra

[emiliom]

el RStudio me indica package KableExtra required but not installed

Este mensaje ocurre cuando corrés el script en el RStudio del hub?

He confirmado que KableExtra no está instalado. Me sorprende un poco dado que ese tutorial lo usamos el año pasado, pero a lo mejor el problema surgió y no lo resolvimos. He encontrado el paquete en conda-forge (https://anaconda.org/conda-forge/r-kableextra), así que lo voy a instalar desde ahí. Te aviso cuando esté disponible.

Muchas gracias por el reporte!

• R. r-kableextra, https://anaconda.org/conda-forge/r-kableextra

[nlois]

De hecho solo me pasa cuando corro desde el RStudio del hub. Creo que debe ser eso , que no esta instalado. Pero raro porque luego cuando compilo el informe completo no salta el error. Solo no da salida sin advertencia ni error. Probemos una vez que este instalado. El resto de las dependencias estaba.
Muchas gracias!!

[emiliom]

Hola @nlois . El paquete kablextra ya está instalado. Espero que con esto desparezca el comportamiento confuso en el hub.

[v0ya]

Hola Emilio! Hacen falta estos paquetes en R:

Disponibles en conda:

• r-spdep
• r-spatialreg
• r-corrplot
• r-vioplot

Gracias!

[emiliom]

Gracias Arelly! Especialmente por buscarlos en conda-forge y reportar lo que econtraste.

Voy a añadirlos al entorno mañana lunes.

R

• r-spdep
• r-spatialreg
• r-corrplot
• r-vioplot

[MarinaSanzM]

Hola Emilio, perdona que haya dejado esto para última hora. Mi taller es el miércoles.

No logro cargar el paquete VoCC en R, al igual que el año pasado, aunque al final logramos solucionarlo. He probado 3 maneras distintas y ninguna me deja cargarlo. Parece que uno de los problemas es debe a la actualización del paquete terra: ‘terra’ 1.7-78 is already loaded, but >= 1.8.5 is required.

Para cargar los datos mediante la función source_data también me error en el paquete raster y el mismo error del paquete terra (>= 1.8.5 is required)

1. Terra:
   CRAN: https://cran.r-project.org/web/packages/terra/index.html
   Fuente: https://rspatial.org/index.html

2. Raster:
   CRAN https://cran.r-project.org/web/packages/raster/index.html

3. VoCC no está en conda ni en CRAN
   Fuente: https://rdrr.io/github/JorGarMol/VoCC/

El año pasado lo logramos con una de estas otras dos opciones, pero esta vez no me deja:

Opción 1 alternativa
install.packages("devtools")
devtools::install_github("JorGarMol/VoCC", dependencies = TRUE, build_vignettes = TRUE)

Opción 2 alternativa
install.packages("remotes")
library(remotes)
remotes::install_github("JorGarMol/VoCC")

4. El paquete rasterVis también da problemas debido al terra: >= 1.8.5 is required
   https://cran.r-project.org/web/packages/rasterVis/index.html

Por último, he subido todo al repositorio de github al hub, consulten https://intercoonecta.github.io/primeros-pasos-taller-intermed.html

Si pudieses ayudarme, ¡estaría súper agradecida! Un abrazo.

[emiliom]

Hola Marina. Gracias por la información. Voy a trabajar en esto y te mantengo al tanto.

[emiliom]

@MarinaSanzM he investigado los paquetes y la situación actual. Es un poco confuso:

• Instalamos el paquete terra a través de conda-forge (r-terra), y ahí tienen versiones muy actuales. Pero la versión que es instalada es una más vieja, como ya habías visto. Cuando trato de forzar el sistema que instale una versión igual o más reciente que 1.8.5, la configuración falla con un error. Sospecho que esto es el resultado de la coordinación de dependencias entre tantos paquetes que especificamos para el hub
• VoCC está especificado en la instalación a través de remotes::install_github('JorGarMol/VoCC' ..., pero confirmo que no se instala. Traté también devtools::install_github('JorGarMol/VoCC', y tampoco funcionó. No puedo ver qué error ocurre durante la instalación, pero seguiré investigando.
• raster 3.6-32 y rasterVis 0.51.7 están instalados. Podrías darme más detalles sobre los problemas que te surgen con estos paquetes?

[emiliom]

@v0ya Ya confirmé que tus paquetes se instalan bien. En una media hora prepararé todo para solicitarle a los administradores del sistema que lo actualizen. Te aviso cuando esté disponible.

[emiliom]

@v0ya el hub ya está actualizado, y confirmo que los 4 paquetes están ahí. Espero que todo funcione bien.

[v0ya]

@v0ya el hub ya está actualizado, y confirmo que los 4 paquetes están ahí. Espero que todo funcione bien.

Genial! voy a probar