[alignment] mfe interaction site center +- 20 nt

[martin-raden]

um die sequenzkonserviertheit der interactions zu untersuchen, brauchen wir sequenzalignments.

dazu zb.

• mfe interaction site center +-20nt subsequenz extrahieren
  • sowohl 5' als auch 3'

dann

• pures sequenzalignment der zugehörigen subsequenzen machen
• RNAalifold alignment machen (= globales alignment), indem zusammengehörige 5'-3'-subsequenzen mit NNNNN in eine verlinkt werden als pseudosequenz
• LocARNA alignment machen (= lokales alignment) mit gleichem trick

was wollen wir wissen:

• konserviertheit
• unterschiede zwischen virusklassen?
• covarianz, d.h. mutiert aber interaktionsbasenpaarung erhalten?
• ... ?

[martin-raden]

ggf. das gleiche nochmal aber diesmal mit mfe-unabhängiger subsequenz, zB

• CDS[20..60]
• UTR3[-110..-60] (indexing rückwärts vom genomende)