Rerunning a successful run will set audit result confound2 to `0`

[dhasegan]

Describe the bug
Rerunning a successful run will set confound2 to 0

Design File
Paste your entire design (.dsn) file between the triple backticks

#!/usr/bin/env bash

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# ANALYSIS VARIABLES
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analysis=fc_$(whoami)
design=../fc-36p_scrub_hcp1200_0_5mm_noTMP.dsn
sequence=anatomical
standard=MNI%2x2x2

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# PIPELINE
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pipeline=prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc

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# 1 PRESTATS
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prestats_rerun[1]=0
prestats_cleanup[1]=1
prestats_process[1]=FMP

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# 2 CONFOUND2
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confound2_rps[2]=1            #realignment parameters or 6 motion parameters
confound2_rms[2]=0            #relative RMS displacement
confound2_wm[2]=1             #signal from white matter
confound2_csf[2]=1            #signal from csf
confound2_gsr[2]=1            #global average
confound2_acompcor[2]=0       #anatomical compcor; PCAs derived from nuisance regions
confound2_tcompcor[2]=0       #temporal compcor;
confound2_aroma[2]=0          #ICA-AROMA based components to be regressed out
confound2_past[2]=0           #include previous time points (1,2,3...)
confound2_dx[2]=1             #include temporal derivatives; 1-first, 2-first and second, ...
confound2_sq[2]=2             #include powers of confound signals; 2-first and second, ...
confound2_custom[2]=
confound2_censor[2]=1         #boolean; censuring on/off
confound2_censor_contig[2]=5  #minimum number of contiguos frames to allow
confound2_framewise[2]=fds:0.694,dv:2 # fds threshold = 0.2mm / TR (OR 0.5mm for task)
confound2_rerun[2]=0
confound2_cleanup[2]=1

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# 3  REGRESS
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regress_dmdt[3]=2               #demeaning and detrending, 2-first and second order
regress_1ddt[3]=1               #demeaning and detrending the 1D (nuisance) timeseries
regress_smo[3]=4                #spatial smoothing, FWHM 4mm
regress_sptf[3]=susan           #FSL's SUSAN algorithm for smoothing
regress_usan[3]=default         #custom argument for SUSAN algorithm
regress_usan_space[3]=          #custom argument for SUSAN algorithm
regress_rerun[3]=0
regress_cleanup[3]=1
regress_process[3]=DMT-REG  #Use default for scrubbing as set in xcpengine default designs

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# 4 FCON
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fcon_atlas[4]=all               #using all available atlases
fcon_metric[4]=corrcoef         #pearsons correlation
fcon_rerun[4]=0
fcon_cleanup[4]=1

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# 5 REHO
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reho_nhood[5]=vertices
reho_roikw[5]=0 # does nothing at the moment
reho_sptf[5]=susan
reho_smo[5]=6
reho_rerun[5]=0
reho_cleanup[5]=1

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# 6 ALFF
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alff_hipass[6]=0.01
alff_lopass[6]=0.08
alff_sptf[6]=susan
alff_smo[6]=6
alff_rerun[6]=0
alff_cleanup[6]=1

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# 7 ROIQUANT
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roiquant_atlas[7]=power264
roiquant_globals[7]=1
roiquant_vol[7]=0
roiquant_rerun[7]=0
roiquant_cleanup[7]=1

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# 8 NORM
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norm_primary[8]=1
norm_rerun[8]=0
norm_cleanup[8]=1

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# 9 QCFC
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qcfc_atlas[9]=power264
qcfc_sig[9]=fdr
qcfc_rerun[9]=0
qcfc_cleanup[9]=1

Problem
My *audit.csv file was

id0,id1,localiser,prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc
sub-1234,REST,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1

And then becomes:

id0,id1,localiser,prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc
sub-1234,REST,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1

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Runtime Information
Running version v1.2.4 on Singularity