Braker

[ochkalova]

Команды:
Варианты запуска могут быть разными в зависимости от того, какие у экспериментатора есть дополнительные данные, чтобы помочь поиску генов.
Запуск брекера на основе белков близкородственного вида и рнк-сека:

braker.pl  --species={your_species_name} --genome={softmasked_genome} --softmasking \
--bam={aligned_rna.bam} --prot_seq={protein_fasta_of_close_relative} --prg=gth \
--gth2traingenes --cores={threads} --gff3

На основе только белков близкого вида:

braker.pl --species={your_species_name} --genome={softmasked_genome} --softmasking \
       --prot_seq={protein_fasta_of_close_relative} --prg=gth \
       --trainFromGth --cores={threads} --gff3

На основе только рнк-сека:

    braker.pl --species={your_species_name} --genome={softmasked_genome} --softmasking \
       --bam={aligned_rna.bam} --cores={threads} --gff3

Без доп инфы, de novo предсказание (всегда хуже всех предыдущих вариантов):

    braker.pl  --species={your_species_name} --genome={softmasked_genome} --softmasking --cores={threads} --gff3

Установка:

conda create -n braker_env
conda activate braker_env
conda install -c bioconda braker

Ему скорее всего потребуются пакеты перла и другие тулы, нужно разбираться на компе, где они не установлены, я не могу проверить.