diff --git a/k-mers_counter.md b/k-mers_counter.md new file mode 100644 index 0000000..7483637 --- /dev/null +++ b/k-mers_counter.md @@ -0,0 +1,30 @@ +# K-mers Counter + +```python +def k_mer_counter(dna_seqs, k): + k_mers = {} + for heading in dna_seqs.keys(): + sequence = dna_seqs[heading] + stop = k + for start in range(len(sequence)): + if stop <= len(sequence): + k_mer = sequence[start:stop] + stop += 1 + if k_mer not in k_mers.keys(): + k_mers[k_mer] = 1 + else: + k_mers[k_mer] += 1 + + original_count = 0 + repetitive_count = 0 + for count in k_mers.values(): + if count == 1: + original_count += 1 + else: + repetitive_count += 1 + + return f"Sequences contain {original_count} original {k_input}-mer(s) and {repetitive_count} repetitive {k_input}-mer(s)" + +dna_seqs = {1:"atatacta", 2:"tgcacaca"} +k_mer_counter(dna_seqs, 8) +``` diff --git a/measles.mfa b/measles.mfa deleted file mode 100644 index 9e724d2..0000000 --- a/measles.mfa +++ /dev/null @@ -1,1595 +0,0 @@ ->NC_001498.1 Measles virus, complete genome -ACCAAACAAAGTTGGGTAAGGATAGATCAATCAATGATCATATTCTAGTACACTTAGGATTCAAGATCCT -ATTATCAGGGACAAGAGCAGGATTAGGGATATCCGAGATGGCCACACTTTTGAGGAGCTTAGCATTGTTC -AAAAGAAACAAGGACAAACCACCCATTACATCAGGATCCGGTGGAGCCATCAGAGGAATCAAACACATTA -TTATAGTACCAATTCCTGGAGATTCCTCAATTACCACTCGATCCAGACTACTGGACCGGTTGGTCAGGTT -AATTGGAAACCCGGATGTGAGCGGGCCCAAACTAACAGGGGCACTAATAGGTATATTATCCTTATTTGTG -GAGTCTCCAGGTCAATTGATTCAGAGGATCACCGATGACCCTGACGTTAGCATCAGGCTGTTAGAGGTTG -TTCAGAGTGACCAGTCACAATCTGGCCTTACCTTCGCATCAAGAGGTACCAACATGGAGGATGAGGCGGA -CCAATACTTTTCACATGATGATCCAAGCAGTAGTGATCAATCCAGGTCCGGATGGTTCGAGAACAAGGAA -ATCTCAGATATTGAAGTGCAAGACCCTGAGGGATTCAACATGATTCTGGGTACCATTCTAGCCCAGATCT -GGGTCTTGCTCGCAAAGGCGGTTACGGCCCCAGACACGGCAGCTGATTCGGAGCTAAGAAGGTGGATAAA -GTACACCCAACAAAGAAGGGTAGTTGGTGAATTTAGATTGGAGAGAAAATGGTTGGATGTGGTGAGGAAC -AGGATTGCCGAGGACCTCTCTTTACGCCGATTCATGGTGGCTCTAATCCTGGATATCAAGAGGACACCCG -GGAACAAACCTAGGATTGCTGAAATGATATGTGACATTGATACATATATCGTAGAGGCAGGATTAGCCAG 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->NC_028249.1 Phocine distemper virus strain PDV/Wadden_Sea.NLD/1988, complete genome -ACCAAACAAAGTTGGCTAAGGATGGATTAATTATTAAACATTTCGATGAAAACTTAGGGTCAATGATCCT -GTCTCAAGGGAGAAGATCAGGGTTCAGACCTACCACAATGGCCAGTCTTCTCAAAAGCCTGAGCTTGTTC -AAAAAGACAAGGGAACAACCCCCATTGGCTTCAGGATCTGGCGGGGCAATAAGAGGGATAAAACATGTTA -TTATAGTCTTGATCCCTGGTGACTCGAGCATTGTAACTAGATCAAGACTATTGGACAGACTTGTCAGAAT -GGTTGGAGACCCTGAAGTTAGTGGTCCCAAGTTGACCGGGGTTCTGATCAGCATCCTCTCATTATTTGTA -GAATCCCCTGGACAGTTAATTCAGAGAATCATTGATGATCCTGACATCAGTATAAAGTTAGTGGAGGTAA -TACCCAGTATTAATTCTACCTGCGGTCTTACATTTGCATCCAGAGGTGCGAGCTTGGATGCTGAAGCTGA -TGAGTTTTTCGGGACTATGGACGAGGGTTCAAAGGATCATAATCAAATGGGCTGGTTAGAAAATAAAGAT -ATAATCGACATCGAGGTGAATGACGCAGAGCAGTTCAATATCTTACTAGCGTCAATCCTGGCTCAAATCT -GGATCTTGCTTGCCAAGGCCGTAACTGCTCCAGACACTGCGGCTGATTCAGAAATGAGAAGATGGATTAA -GTACACTCAGCAGAGACGTGTGATAGGAGAATTTAGAATGAATAAAATATGGCTTGATATAGTTAGGAAC -AGAATTGCTGAGGATTTGTCTTTGAGGCGATTTATGGTGGCATTAATATTAGATATCAAAAGGTCTCCGG 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complete genome -ACCAGACAAAGTTGGCTAAGGATAGTTAAATTATTGAATATTTTATTAAAAACTTAGGGTCAATGATCCT -ACCTTAAAGAACAAGGCTAGGGTTCAGACCTACCAATATGGCTAGCCTTCTTAAAAGCCTCACACTGTTC -AAGAGGACTCGGGACCAACCCCCTCTTGCCTCTGGCTCCGGGGGAGCAATAAGAGGAATAAAGCATGTCA -TTATAGTCCTAATCCCGGGTGATTCAAGCATTGTTACAAGATCTCGACTATTGGATAGACTTGTTAGGTT -GGTTGGTGATCCAAAAATCAACGGCCCTAAATTAACTGGGATCTTAATCAGTATCCTCTCCTTGTTTGTG -GAATCCCCTGGACAGTTGATCCAGAGGATCATAGACGACCCTGATGTAAGCATCAAGTTAGTAGAGGTAA -TACCAAGCATCAACTCTGCTTGCGGTCTTACATTTGCATCCAGAGGAGCAAGTCTGGATTCTGAGGCAGA -TGAGTTCTTCAAAATTGTAGACGAAGGGTCGAAAGCTCAAGGGCAATTAGGCTGGTTAGAGAATAAGGAT -ATAGTAGACATAGAAGTTGATAATGCTGAGCAATTCAATATATTGCTAGCTTCCATCTTGGCTCAAATTT -GGATCCTGCTAGCTAAAGCGGTGACTGCTCCTGATACTGCAGCCGACTCGGAGATGAGAAGGTGGATTAA -GTATACCCAGCAAAGACGTGTGGTCGGAGAATTTAGAATGAACAAAATCTGGCTTGATATTGTTAGAAAC -AGGATTGCTGAGGACCTATCTTTGAGGCGATTCATGGTGGCGCTCATCTTGGACATCAAACGATCCCCAG -GGAACAAGCCTAGAATTGCTGAAATGATTTGTGATATAGATAACTACATTGTGGAAGCTGGGTTAGCTAG 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b/noname_tool.py index 78a7817..55d2a8e 100644 --- a/noname_tool.py +++ b/noname_tool.py @@ -73,17 +73,37 @@ def nucleotide_frequency(fasta_dictionary): """ pass - def kmer_frequency(fasta_dictionary, k): """ Args: fasta_dictionary: dictionary with key == fasta header, value == sequence (fasta_reader function) k: length of k-mer sequence - Returns: dictionary with k-mer frequency, key == k-mer (sequence), value == frequency """ - pass + k_mers = {} + for heading in fasta_dictionary.keys(): + sequence = fasta_dictionary[heading] + stop = k + for start in range(len(sequence)): + if stop <= len(sequence): + k_mer = sequence[start:stop] + stop += 1 + if k_mer not in k_mers.keys(): + k_mers[k_mer] = 1 + else: + k_mers[k_mer] += 1 + + original_count = 0 + repetitive_count = 0 + for count in k_mers.values(): + if count == 1: + original_count += 1 + else: + repetitive_count += 1 + + return k_mers + def orf_finder(fasta_dictionary):