Основной задачей было запуск проекта GEMCODE для предсказания сокристаллизации драгов и коформеров. Исходный репозиторий был очень плохо настроен и абсолютно не воспроизводим. Были большие проблемы зависимостей.
Я потратил несколько дней на разрешение этого ада. По итогу вручную подобрал и исправил конфликтующие версии библиотек. Пайплайн отработал, но библиотека OpenBabel не работала корректно для расчета дескрипторов, пришлось фиксить и это.
Как итог я написал скрипт, который позволяет использовать наши собственные коформеры для предсказания, вместо того чтобы генерировать их с нуля и обернул это в FASTP API.
После того как проект заработал локально, нужно было сделать его воспроизводимым. Из-за того что я руками переустонавливал десятки разных версий и не только текущее окружение оказалось тяжело скопировать, но я всё перебрал и нашёл работающий воспроизводимый вариант. Потом Никита посмотрел на проделанную работу сделал несколько замечаний и дал пару задач.
Я перенёс проект на uv и настроил докерфайл который отправил ему.
Как итог получилось адаптировать GEMCODE для актуальной задачи предсказания сокристализации, удалось разрешить проблемы с зависимостями и сделать воспроизводимую среду.
У Никиты есть вопросы по оптимизации, вероятно ещё нужны будут правки.
Основной задачей было запуск проекта GEMCODE для предсказания сокристаллизации драгов и коформеров. Исходный репозиторий был очень плохо настроен и абсолютно не воспроизводим. Были большие проблемы зависимостей.
Я потратил несколько дней на разрешение этого ада. По итогу вручную подобрал и исправил конфликтующие версии библиотек. Пайплайн отработал, но библиотека OpenBabel не работала корректно для расчета дескрипторов, пришлось фиксить и это.
Как итог я написал скрипт, который позволяет использовать наши собственные коформеры для предсказания, вместо того чтобы генерировать их с нуля и обернул это в FASTP API.
После того как проект заработал локально, нужно было сделать его воспроизводимым. Из-за того что я руками переустонавливал десятки разных версий и не только текущее окружение оказалось тяжело скопировать, но я всё перебрал и нашёл работающий воспроизводимый вариант. Потом Никита посмотрел на проделанную работу сделал несколько замечаний и дал пару задач.
Я перенёс проект на uv и настроил докерфайл который отправил ему.
Как итог получилось адаптировать GEMCODE для актуальной задачи предсказания сокристализации, удалось разрешить проблемы с зависимостями и сделать воспроизводимую среду.
У Никиты есть вопросы по оптимизации, вероятно ещё нужны будут правки.