非加性效应检验的方法选择？

[zhiyongli1995]

您好，我想做上位性互作的全基因组关联分析，并和plink进行比较，您软件中将非加性效应分为了加加互作、加显互作、显显互作、加性检验和显性检验，我如果想和plink 的epistasis模块做比较的话，应当选择哪种非加性效应检验？

[zhiyongli1995]

您好，追加一个问题，我的数据有1.35M标记318样本，估计方差组分时提示“Variances Not Converged”，请问对后续分析有何影响？感谢，期待您的回复！

[chaoning]

最近没看github，抱歉回复不及时。
plink 的epistasis模块仅考虑了加加互作，可以选择仅加入加性和加加互作基因组关系矩阵的加加互作检验。
样本量少，加入的关系矩阵较多，或者某种随机效应方差占比很小，会容易出现方差组分不收敛的情况。软件默认迭代100次，可以适当增加迭代次数。默认的收敛标准较高，迭代1000次以上仍没有收敛，直接进行后续分析，影响不是很大。