请问输出结果中的eff，指的是两个minor allele的组合远离期望值的大小吗？ #5
Description
宁老师，您好
请问输出结果中的eff，指的是两个minor allele的组合远离期望值的大小吗？例如两个Minor等位基因的效应分别是A、B，那么期望值组合的效应应该是A+B。假设组合的真实值效应是C，那么epistasis的效应是C-(A+B)吗？如果eff大于0代表两个minor等位的组合有正向的上位效应？
我的命令如下
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/jzhou/miniconda3/pkgs/libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0/lib/
gmatrix --bfile xxx --grm agrm --out cotton
gmatrix --bfile xxx --grm aagrm --out cotton
remma --data xxx --grm xxx.agrm.id_fmt,xxx.aagrm.id_fmt --covar COV1,COV2,COV3 --trait trait --out xxx
remma --epis abya --bfile xxx --data xxxt --grm xxx.agrm.id_fmt,xxx.aagrm.id_fmt --covar COV1,COV2,COV3 --trait trait --continue --maxiter 0 --out xxx --parallel 99,100输出的表头
order0 chro0 snp_id0 cm0 base0 allele0_0 allele1_0 freq0 order1 chro1 snp_id1 cm1 base1 allele0_1 allele1_1 freq1 eff se p