Мне, наверное, везёт с ошибками) Если у Вас выпадает такая же при создании hibernate.cfg.xml в resources
cannot save settings Source root '/src/main/resources' is duplicated in module 'hibernate-starter.main'.
помогло только одно, зайти через консоль в проджект и удалить директорию Intellij Idea,
rm -rf .idea
Открыть повторно проект и попробовать ещё раз. У меня прошло)