Form1.resxで
<data name="saveFileDialog1.Filter" xml:space="preserve">
<value>Markdown(*md)|*md|Text file(*txt)|*txt|All files(**)|**</value>
</data>
となっていますが
<value>Markdown(*.md)|*.md|Text file(*.txt)|*.txt|All files(*.*)|*.*</value>
(*.txt など.を入れる)
としないとデフォルト指定の.mdで保存されてしまいます。