通过输入PubChem号获取的是2维小分子而非3D小分子，导致对接结果不一样。

[Super-dong94]

您好，在使用Dockey时候，我发现通过输入PubChem号获取的是2维小分子而非3D小分子，导致对接结果不一样。请问，分子对接中，应该是用2维小分子还是3D小分子？

[lmdu]

使用meeko准备小分子之前，2维小分子会自动添加3D坐标的。