Ao criar um novo modelo de Navegação, ao salvar, sair do eclipse e reabri-lo todas as relações são perdidas. Além do problema visual, houve uma ocasião que as relações não foram salvas de maneira correta no arquivo xml.
O problema ocorreu mais de uma vez ao criar um novo modelo, e nas seguintes versões:
Eclipse IDE for Enterprise Java Developers : 2020-12 (4.18.0)
openjdk 11
Sirius: 6.4
SO: Windows 10
Eclipse Modeling Tools : 2020-09 (4.17.0)
openjdk 11
Sirius: 6.4
SO: Ubuntu 20.04