类似于poreC的国产数据

[zhidaobuzhidao]

您好，
由于poreC数据的测序成本较高，国内的测序公司陆续推出了和nanopore 数据相近的数据，有些质量值没有nanopore的高。
现在用国产的质量值稍低的类似于poreC的数据，可以进行Cphaseng的同源多倍体挂载和拆分么？
期待您的回复~
Gao

[wangyibin]

你好，非常感谢你的提问。
国产Nanopore数据，从原理上是支持的，有以下两点需要注意：

1. CPhasing使用minimap2处理Pore-C数据，默认设置preset为lr:hq，在输入国产Nanopore数据的时候，需要改成他们推荐的比对参数或者改成 map-ont (pipeline/mapper : --mm2-params "-x map-ont" )
2. 在二倍体或者多倍体分型中，较高错误率的read，会带来更高的同源染色体间错误的互作信号（h-trans）这可能会带来更多的分型错误。

祝好，
Yibin