Feature/oop1 module

oop1/backend.py

@@ -0,0 +1,112 @@
+# backend.py
+# Adapter Pattern for plotting backends
+
+from __future__ import annotations
+from abc import ABC, abstractmethod
+from typing import Any, Optional, Sequence
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+
+class PlotBackend(ABC):
+    """
+    UMAP ve diğer görseller için soyut backend arayüzü.
+    Adapter Pattern burada uygulanıyor.
+    Strategy katmanı backend hakkında bilgi sahibi değil.
+    """
+
+    @abstractmethod
+    def init_canvas(self, width: float, height: float, dpi: int) -> None:
+        ...
+
+    @abstractmethod
+    def draw_umap(
+        self,
+        embedding,
+        labels: Optional[Sequence] = None,
+        point_size: float = 5.0,
+        alpha: float = 0.8,
+        cmap: str = "viridis",
+        color_labels: bool = True,
+    ) -> None:
+        ...
+
+    @abstractmethod
+    def save(self, path: str) -> None:
+        ...
+
+    @abstractmethod
+    def show(self) -> None:
+        ...
+
+    @abstractmethod
+    def get_figure(self) -> Any:
+        ...
+
+    @abstractmethod
+    def get_axes(self) -> Any:
+        ...
+
+
+class MatplotlibBackend(PlotBackend):
+    """
+    Matplotlib için adapter backend.
+    VisualizationService → Strategy → Backend hiyerarşisi
+    sayesinde her şey OOP uyumlu çalışır.
+    PlotlyBackend
+    BokehBackend katmanları buraya eklenebilir.
+    """
+
+    def __init__(self) -> None:
+        self._fig: Any = None
+        self._ax: Any = None
+
+    def init_canvas(self, width: float, height: float, dpi: int) -> None:
+        self._fig, self._ax = plt.subplots(figsize=(width, height), dpi=dpi)
+
+    def draw_umap(
+        self,
+        embedding,
+        labels: Optional[Sequence] = None,
+        point_size: float = 5.0,
+        alpha: float = 0.8,
+        cmap: str = "viridis",
+        color_labels: bool = True,
+    ) -> None:
+        if self._ax is None:
+            self.init_canvas(8, 6, 120)
+
+        x = embedding[:, 0]
+        y = embedding[:, 1]
+
+        if labels is None:
+            sc = self._ax.scatter(x, y, s=point_size, alpha=alpha, cmap=cmap)
+        else:
+            sc = self._ax.scatter(
+                x,
+                y,
+                c=labels if color_labels else None,
+                s=point_size,
+                alpha=alpha,
+                cmap=cmap if color_labels else None,
+            )
+
+        self._ax.set_xlabel("UMAP-1")
+        self._ax.set_ylabel("UMAP-2")
+        self._ax.set_title("UMAP Projection")
+
+        if labels is not None and color_labels:
+            self._fig.colorbar(sc, ax=self._ax, label="labels")
+
+    def save(self, path: str) -> None:
+        if self._fig is not None:
+            self._fig.savefig(path, bbox_inches="tight")
+
+    def show(self) -> None:
+        if self._fig is not None:
+            plt.show()
+
+    def get_figure(self) -> Any:
+        return self._fig
+
+    def get_axes(self) -> Any:
+        return self._ax

oop1/core.py

@@ -0,0 +1,112 @@
+# core.py
+# Veri akışı ve konfigürasyonun standartlaştırılması
+
+from __future__ import annotations
+
+from dataclasses import dataclass, field, asdict
+from typing import Any, Optional, Sequence, Dict, List
+
+
+@dataclass
+class VizParams:
+    """
+    UMAP + plot + kayıt + canvas ayarlarını tutan config sınıfı.
+    Strategy, backend, service hep bu obje üzerinden konuşur.
+    """
+
+    # ---------- UMAP ayarları ----------
+    n_neighbors: int = 15
+    min_dist: float = 0.1
+    metric: str = "euclidean"
+    random_state: Optional[int] = 42
+    n_components: int = 2  # genelde 2D UMAP
+
+    # ---------- Canvas / figür boyutları ----------
+    width: float = 8.0    # inches (matplotlib)
+    height: float = 6.0
+    dpi: int = 120
+
+    # ---------- Nokta / scatter ayarları ----------
+    point_size: float = 5.0
+    alpha: float = 0.8
+
+    # ---------- Renk / etiket ayarları ----------
+    cmap: str = "viridis"      # Eğer labels sayısal ise
+    color_labels: bool = True  # Kategorik/etiket bazlı renklendirme
+    label_name: Optional[str] = None  # Örn: "cluster", "louvain" vs.
+
+    # ---------- Kayıt / output ayarları ----------
+    save_dir: str = "figures"
+    save_name: str = "umap"
+    save_format: str = "png"
+    save_enabled: bool = True  # SaveStrategy kullanırken işine yarar
+
+    # ---------- Eksen / başlık ----------
+    title: Optional[str] = "UMAP Projection"
+    x_label: str = "UMAP-1"
+    y_label: str = "UMAP-2"
+    show_axis: bool = True
+
+    def update(self, **kwargs: Any) -> None:
+        """
+        ****
+        UMAP parametrelerini sonradan değiştirme imkanı.
+        Parametreleri runtime'da değiştirmek için:
+            ctx.params.update(n_neighbors=30, min_dist=0.05, title="Deneme UMAP")
+        Yanlış isim verilirse AttributeError fırlatır ki hatayı erken görelim.
+        """
+        for key, value in kwargs.items():
+            if not hasattr(self, key):
+                raise AttributeError(f"VizParams has no attribute '{key}'")
+            setattr(self, key, value)
+
+
+@dataclass
+class VizContext:
+    """
+    Farklı strategy'ler arasında ortak kullanılacak context yapısı.
+    Data, parametreler, embedding, backend ve hataları burada tutar.
+    """
+    # Girdi tarafı
+    data: Any
+    labels: Optional[Sequence] = None
+    params: VizParams = field(default_factory=VizParams)
+
+    # Hesaplama sonrası doldurulacak
+    embedding: Optional[Any] = None
+
+    # Backend tarafının dolduracağı alanlar
+    figure: Any = None
+    ax: Any = None
+    backend: Any = None  # Örn: MatplotlibBackend instance
+
+    # Hata ve ek artefakt yönetimi
+    errors: List[str] = field(default_factory=list)
+    artifacts: Dict[str, Any] = field(default_factory=dict)
+
+    def add_error(self, msg: str) -> None:
+        """Context içinde hata mesajı biriktir."""
+        self.errors.append(msg)
+
+    @property
+    def has_errors(self) -> bool:
+        return len(self.errors) > 0
+
+    def attach_backend(self, backend: Any) -> None:
+        """Backend instance'ını context'e kaydet.
+        service backend'i context ile ilişkilendirir.****
+        """
+        self.backend = backend
+
+    def to_dict(self) -> Dict[str, Any]:
+        """
+        Debug / logging için context özetini sözlük formatında döner.
+        AnnData veya büyük objeleri komple dump etmiyoruz, sadece boyut / key bilgisi.
+        """
+        return {
+            "params": asdict(self.params),
+            "has_errors": self.has_errors,
+            "errors": list(self.errors),
+            "embedding_shape": getattr(self.embedding, "shape", None),
+            "artifacts": list(self.artifacts.keys()),
+        }

oop1/save_strategy.py

@@ -0,0 +1,71 @@
+# save_strategy.py
+from __future__ import annotations
+
+from abc import ABC, abstractmethod
+from typing import Optional
+import os
+
+from core import VizContext
+from backend import PlotBackend
+
+
+class SaveStrategy(ABC):
+    """
+    Kaydetme davranışını soyutlayan Strategy.
+    Kaydetme politikası ayrı bir Strategy
+    İster hiç kaydetme, ister otomatik dosya adı üret, ister özel path kullan.
+    """
+
+    @abstractmethod
+    def save(
+        self,
+        ctx: VizContext,
+        backend: PlotBackend,
+        save_path: Optional[str] = None,
+    ) -> None:
+        ...
+
+
+class NoSaveStrategy(SaveStrategy):
+    """Hiçbir şey kaydetmez, sadece figürü context'te bırakır."""
+
+    def save(
+        self,
+        ctx: VizContext,
+        backend: PlotBackend,
+        save_path: Optional[str] = None,
+    ) -> None:
+        # Sadece figür referansını artifacts içine atalım
+        ctx.artifacts["fig"] = backend.get_figure()
+
+
+class AutoPathSaveStrategy(SaveStrategy):
+    """
+    Kaydetme için otomatik path üretir:
+    - Eğer save_path verilmişse onu kullanır
+    - Verilmemişse ctx.params içindeki save_dir, save_name, save_format üzerinden üretir
+    """
+
+    def save(
+        self,
+        ctx: VizContext,
+        backend: PlotBackend,
+        save_path: Optional[str] = None,
+    ) -> None:
+        params = ctx.params
+
+        # Kullanıcı kaydetmek istemiyorsa çık
+        if not params.save_enabled:
+            return
+
+        # Dışarıdan özel path verilmişse onu kullan
+        if save_path is None:
+            os.makedirs(params.save_dir, exist_ok=True)
+            filename = f"{params.save_name}.{params.save_format}"
+            save_path = os.path.join(params.save_dir, filename)
+
+        try:
+            backend.save(save_path)
+            ctx.artifacts["fig_path"] = save_path
+        except Exception as e:
+            ctx.add_error(f"Save error: {e}")