🧬 WEB-LIS PathSys

Sistema de gestión de muestras para laboratorio patológico.

• Frontend: Vue 3 + Vite + Pinia + Vue Router + TailwindCSS
• Backend: FastAPI (Python 3.12) + Motor (MongoDB)
• Base de datos: MongoDB (local o Atlas)

Este repositorio incluye Run.sh para orquestar entornos de ejecución, utilidades y pruebas.

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🚀 Inicio rápido (macOS)

# 1) Instalar dependencias del sistema y del proyecto
./Run.sh setup

# 2) Ejecutar en local con MongoDB local (API + Frontend)
./Run.sh local

# 3) Ver estado general
./Run.sh status

# 4) Detener todos los servicios
./Run.sh stop

Accesos por defecto:

• Frontend: http://localhost:5174
• API Docs (Swagger): http://localhost:8000/docs

Notas:

• Run.sh está optimizado para macOS y usa Homebrew. En Linux puedes reutilizar los pasos, pero algunos comandos (brew, rutas de Python 3.12) pueden variar.

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📦 Prerrequisitos

• Node.js 18+
• Docker Desktop (opcional, para modo Docker)
• Python 3.12 (el script lo instalará vía Homebrew si no está presente)

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🧰 Comandos disponibles (Run.sh)

Uso general: ./Run.sh <comando>

Configuración

• setup Instala dependencias Frontend y Backend, crea venv con Python 3.12
• setup-atlas Crea .env para usar MongoDB Atlas (sin Docker)
• update-venv Regenera el entorno virtual a Python 3.12

Inicio de servicios

• local Inicia Frontend + Backend + MongoDB local (brew services)
• local-atlas Inicia Frontend + Backend usando MongoDB Atlas (sin Docker)
• docker Levanta todo con Docker Compose (MongoDB local en contenedor)
• docker-atlas No soportado actualmente (mensaje informativo en el script)
• local-new Inicia un Backend alternativo en puerto 8001 + Frontend (experimental)

Utilidades

• status Muestra el estado de Docker, API, Frontend y configuración
• stop Detiene procesos (Docker, API, Frontend, Mongo local)
• clean Elimina todos los .env del Frontend y Backend
• restart-fe Reinicia únicamente el Frontend con .env local
• debug Muestra y verifica configuración .env y conectividad
• tests [ops] Ejecuta la suite de tests del Backend (pytest) pasando flags

Ayuda

• help Muestra ayuda y ejemplos

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🔬 Pruebas (pytest)

Los tests del Backend se integran en Run.sh y ejecutan pytest directamente con configuración consistente.

Comandos útiles:

# Suite completa (salida concisa)
./Run.sh tests

# Modo detallado (muestra todos los estados y verbose)
./Run.sh tests --full

# Pasar flags a pytest (se reenvían sin modificar)
./Run.sh tests -v -k auth

Detalles técnicos:

• Import mode: --import-mode=importlib (configurado también en pytest.ini).
• Filtros de warnings comunes (Pydantic v2, crypt, utcnow, argon2 version).
• Muestra top de tests más lentos (--durations=10).
• Ruta de pruebas apuntada por defecto a Back-End/app/modules.

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🌍 Variables de entorno generadas por Run.sh

Backend (Back-End/.env):

MONGODB_URL=...           # mongodb://localhost:27017 (local) o cadena SRV de Atlas
DATABASE_NAME=lime_pathsys
ENVIRONMENT=development | production
DEBUG=True | False
SECRET_KEY=...
ACCESS_TOKEN_EXPIRE_MINUTES=480

Frontend (`Front-End/.env`):

VITE_API_BASE_URL=http://localhost:8000 VITE_APP_TITLE=WEB-LIS PathSys (...) VITE_APP_ENV=development | production VITE_DEV_MODE=true | false

El script siempre crea un único `.env` por carpeta y limpia archivos previos para evitar confusiones.

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## 🗺️ Modos de ejecución y URLs

- `local`
  - MongoDB local (brew services)
  - API: http://localhost:8000
  - Frontend: http://localhost:5174

- `local-atlas`
  - Usa MongoDB Atlas (requiere cadena SRV válida)
  - API: http://localhost:8000
  - Frontend: http://localhost:5174

- `docker`
  - Usa `Back-End/docker-compose.dev.yml`
  - MongoDB: mongodb://localhost:27017 (mapeado)
  - API: http://localhost:8000
  - Frontend: http://localhost:5174

- `local-new` (experimental)
  - API alternativa: http://localhost:8001
  - Frontend: http://localhost:5174

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## 📥 Scripts de importación (datos)

Ubicación: `Back-End/Scripts/`

Disponibles, entre otros:
- `import_tests.py`
- `import_diseases.py` / `import_cancer_diseases.py`
- `import_entities.py`
- `import_pathologists.py`
- `Import_patients.py` / `Import_cases.py`

Ejemplo de uso (con venv activado):
```bash
source Back-End/venv/bin/activate
python Back-End/Scripts/import_tests.py

Nota: Algunos scripts requieren archivos Excel en la misma carpeta (ej. CIE-10.xlsx, CIE-O.xlsx).

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🧩 Solución de problemas

• Docker no corre: abre Docker Desktop y reintenta ./Run.sh docker.
• Puertos ocupados (8000/5174): usa ./Run.sh stop y reintenta.
• MongoDB local no responde: brew services restart mongodb/brew/mongodb-community.
• Python 3.12 no disponible: ./Run.sh setup lo instalará con Homebrew.
• Warnings Pydantic v2: son esperados (el proyecto migra gradualmente a model_dump).

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📜 Licencia

Este proyecto se distribuye bajo la licencia incluida en el archivo LICENSE.