Add atomic_virial option

[gshs12051]

• Support inferred_atomic_virial across deploy, inference, calculator, and util flows.
• Introduce atomic_stress option in LAMMPS patching for atomic-stress pair sources.
• Maintain backward compatibility when atomic options are disabled.

[YutackPark]

• atomic_stress 를 새 모듈 만들지 않고, 기존에 있는 ~~FromEdge force_output.py 에 플래그 형식으로 바꿔서 합치기.
• pair_e3gnn.cpp 부분은 force edge 로 구하는 버전으로 다 업데이트 (@Jaesun0912), (pair_e3gnn_parallel 하는 방식과 같음)
• unit test 코드 추가. (파이썬 부분만)

[lee2tae]

필요없는 부분 삭제하고, 기존 코드와 속도 비교까지 진행했습니다.
Si_dia system 기준으로 gpu3에서 spcpu 결과 다음과 같습니다.

numatoms = [8, 64, 216, 512, 1000, 1728, 2744, 4096, 5832]
기존 = [22.791, 22.239, 22.497, 13.683, 7.552, 4.481, 2.846, 1.923, 1.352]
수정 = [21.665, 21.567, 22.983, 13.981, 7.608, 4.480, 2.831, 1.909, 1.343]

Deploy 모델에서 torchscipt input 삭제하는 작업은 일단 allowed_file_types이랑 주석에서만 지워 놨습니다.