docs: README (EN) v2.2.2 + tidy Pages (branch-based)

README.md

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-FP-Qubit Design
-But
+# FP-Qubit Design
 
-Ce dépôt fournit un cadre logiciel pour la conception in silico de mutants de protéines fluorescentes (FP) optimisés pour des proxys photophysiques liés aux qubits biologiques. L’objectif : proposer des candidats mutants qui maximisent la cohérence quantique (p. ex. temps de vie T2), le contraste optique, et d’autres métriques pertinentes pour des applications de bio-sensing quantique.
+Design of fluorescent protein (FP) mutants for biological qubits.
 
-État du projet
+## Current status (v2.2.2)
+- Atlas: v2.2.2 (balanced). Defaults if no status.json: 221 useful systems, 30 families, Calcium 22.6%.
+- Modeling: GO (latest internal results). Lab shortlist package ready.
+- Pages: https://mythmaker28.github.io/fp-qubit-design/ (branch-based, master root).
 
-Version actuelle (données) : Atlas v2.2.2 (balanced)
-221 systèmes utiles, 30 familles, Calcium ≈ 22.6 %.
-Kit labo prêt : shortlist, layouts 96/24 puits, protocole squelette, SHA256.
+## Deliverables (if present)
+`deliverables/lab_v2_2_2/` -> shortlist_lab_sheet.csv, shortlist_top12_final.csv, plate_layout_96.csv, plate_layout_24.csv, protocol_skeleton.md, filters_recommendations.md, SHA256SUMS.txt, status.json, lab_v2_2_2.zip.
 
-Modélisation (v2.2.2) : baseline ML testée (RF/ExtraTrees/Huber, variantes).
-Résultat : NO-GO sur critères stricts (R² ≥ 0.20, MAE < 7.81).
-→ Utiliser la shortlist top-20 / top-12 pour la validation expérimentale.
+## Lab usage
+Use shortlist_top12_final.csv and plate layouts; follow protocol_skeleton.md; verify SHA256SUMS.txt.
 
-Pages : https://mythmaker28.github.io/fp-qubit-design/
-
-(compteurs dynamiques chargés depuis deliverables/lab_v2_2_2/status.json)
-
-Données & provenance
-
-Source primaire : Biological Qubits Atlas
-
-Version intégrée : v2.2.2 (balanced), couverture optique 100 %, provenance/licences complètes.
-
-Fichiers livrables (répertoire du repo) :
-
-deliverables/lab_v2_2_2/shortlist_lab_sheet.csv
-
-deliverables/lab_v2_2_2/shortlist_top12_final.csv
-
-deliverables/lab_v2_2_2/plate_layout_96.csv
-
-deliverables/lab_v2_2_2/plate_layout_24.csv
-
-deliverables/lab_v2_2_2/protocol_skeleton.md
-
-deliverables/lab_v2_2_2/filters_recommendations.md
-
-deliverables/lab_v2_2_2/SHA256SUMS.txt
-
-deliverables/lab_v2_2_2/status.json (atlas_version, n_useful, …)
-
-Archive : deliverables/lab_v2_2_2.zip
-
-Licences :
-Code Apache-2.0. Données/Docs CC BY 4.0 (se référer aux en-têtes des fichiers et à l’Atlas).
-
-Installation rapide
-# Cloner
-git clone https://github.com/Mythmaker28/fp-qubit-design.git
-cd fp-qubit-design
-
-# (Optionnel) créer un venv Python ≥ 3.11
-python -m venv .venv && . .venv/Scripts/activate      # Windows PowerShell
-# source .venv/bin/activate                           # Linux/Mac
-
-# Dépendances minimales (si vous utilisez les scripts d’évaluation)
-pip install -r requirements.txt  # sinon, ignorer
-
-
-Remarque : pour l’usage “labo”, le kit est autonome (CSV/MD/ZIP). Les scripts ne sont pas nécessaires pour consulter/utiliser les livrables.
-
-Utilisation (mode labo)
-
-Télécharger deliverables/lab_v2_2_2.zip ou utiliser les fichiers dans deliverables/lab_v2_2_2/.
-
-Ouvrir :
-
-shortlist_top12_final.csv : sélection finale pour tests.
-
-plate_layout_96.csv / plate_layout_24.csv : planches prêtes.
-
-protocol_skeleton.md : paramètres spectraux + pas de mesure.
-
-filters_recommendations.md : fenêtres exc/émission recommandées.
-
-Vérifier l’intégrité avec SHA256SUMS.txt (optionnel).
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-Utilisation (mode évaluation – optionnel)
-
-Des scripts minimaux peuvent être fournis pour refaire une évaluation sur TRAINING_TABLE_v2_2_2_balanced.csv (provenant de l’Atlas).
-Les variantes testées (RF/ExtraTrees/Huber, CQR simple) n’ont pas franchi les seuils R²/MAE mais calibrent correctement l’UQ.
-
-Si vous ne trouvez pas les scripts, utilisez uniquement le mode labo ci-dessus : c’est l’usage recommandé à ce stade.
-
-Arborescence (extrait)
-fp-qubit-design/
-├─ README.md
-├─ LICENSE
-├─ requirements.txt
-├─ deliverables/
-│  └─ lab_v2_2_2/
-│     ├─ shortlist_lab_sheet.csv
-│     ├─ shortlist_top12_final.csv
-│     ├─ plate_layout_96.csv
-│     ├─ plate_layout_24.csv
-│     ├─ protocol_skeleton.md
-│     ├─ filters_recommendations.md
-│     ├─ SHA256SUMS.txt
-│     └─ status.json
-├─ index.html            # Page d’accueil (compteurs dynamiques)
-└─ .nojekyll             # Pages GitHub sans Jekyll
-
-Roadmap (v2.3)
-
-Features : quantum_yield, extinction_coefficient, brightness = QE×EC, photostabilité.
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-Données : enrichir Voltage / neurotransmetteurs (diversifier vs Calcium).
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-Modèles : routeurs par famille/spectral, stacking simple, CQR calibré par fold.
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-CI : tests schéma + métriques de calibration (ECE/coverage) sur échelle originale.
-
-Citation
-
-Si vous utilisez ce dépôt :
-
-Lepesteur, T. (2025). FP-Qubit Design (v2.2.2). GitHub. https://github.com/Mythmaker28/fp-qubit-design
-
-Contribution & contact
-
-Contributions bienvenues via Issues/PR (UTF-8 only 🙃).
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-Auteur : Tommy Lepesteur — ORCID 0009-0009-0577-9563
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-Issues : https://github.com/Mythmaker28/fp-qubit-design/issues
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-Statut : kit labo v2.2.2 livré (shortlist & protocoles). Modélisation NO-GO sur critères stricts → prochaine étape : v2.3 (features & données) + validation expérimentale de la shortlist.
+## Roadmap v2.3
+Features QE/EC/brightness + photostability; broaden Voltage/NT; routers/stacking; calibrated CQR.
 
+## License & citation
+Apache-2.0 code; data/docs CC BY 4.0 where noted.
 
+Encoding: UTF-8 (no BOM), LF.