README - Οδηγίες Εκτέλεσης της Streamlit Εφαρμογής

Αυτή η εφαρμογή είναι μια Streamlit εφαρμογή για ανάλυση δεδομένων scRNA-seq και μπορεί να τρέξει είτε με Docker είτε με Python. Ακολουθήστε τις οδηγίες για την εκτέλεση της εφαρμογής σε κάθε περίπτωση.

Προϋποθέσεις

1. Docker Για να τρέξετε την εφαρμογή με Docker, χρειάζεστε:

• Docker εγκατεστημένο στον υπολογιστή σας. Μπορείτε να κατεβάσετε και να εγκαταστήσετε το Docker από την επίσημη ιστοσελίδα του Docker.

Εκτέλεση με Docker:

1. Κάντε extract τον φάκελο και βεβαιωθείται ότι έχεται τα αρχεία app.py, requirements.txt και Dockerfile.

2. Δημιουργία Docker Image

   • Ανοίξτε το τερματικό (Command Prompt) και πηγαίνετε στον φάκελο που περιέχει τα αρχεία.

   • Εκτελέστε την παρακάτω εντολή για να δημιουργήσετε την εικόνα Docker:

     docker build -t scrna-seq-app .

     Αυτό θα δημιουργήσει την εικόνα Docker με το όνομα scrna-seq-app.

3. Εκκίνηση του Docker Container

   • Εκκινήστε το container με την παρακάτω εντολή:

     docker run -p 8501:8501 scrna-seq-app

     Αυτή η εντολή θα εκκινήσει την εφαρμογή στην θύρα 8501.

4. Πρόσβαση στην Εφαρμογή

   • Ανοίξτε τον browser και επισκεφτείτε το URL:

     http://localhost:8501

   όπου θα είναι διαθέσιμη η εφαρμογή.

2. Python Για να τρέξετε την εφαρμογή με Python, χρειάζεστε:

• Python 3.7 ή νεότερη έκδοση (προτινόμενη: 3.11.9).
• Εγκατεστημένο το pip για να εγκαταστήσετε τις εξαρτήσεις της εφαρμογής.

Εκτέλεση με Python:

1. Κάντε extract τον φάκελο και βεβαιωθείται ότι έχεται τα αρχεία app.py, requirements.txt και Dockerfile.

2. Εγκατάσταση των Απαιτούμενων Βιβλιοθηκών

   • Ανοίξτε το τερματικό και πηγαίνετε στον φάκελο που περιέχει τα αρχεία.

   • Εκτελέστε την παρακάτω εντολή για να εγκαταστήσετε τις απαιτούμενες βιβλιοθήκες από το requirements.txt:

     pip install -r requirements.txt

3. Εκκίνηση της Εφαρμογής

   • Μετά την εγκατάσταση των βιβλιοθηκών, μπορείτε να ξεκινήσετε την εφαρμογή με την παρακάτω εντολή:

     streamlit run ...\app.py (Πριν το \app.py, πρέπει να μπει το directory του φακέλου όπου βρίσκεται)

     Αυτό θα ξεκινήσει την εφαρμογή στην θύρα 8501.

4. Πρόσβαση στην Εφαρμογή

   Η εφαρμογή ανοίγει αυτόματα όταν τρέξετε το app.py, αλλά σε περίοπτωση που δεν τρέξει, ανοίξτε τον browser και επισκεφτείτε το URL:

   http://localhost:8501

   όπου θα είναι διαθέσιμη η εφαρμογή.

Εξαρτήσεις

Η εφαρμογή απαιτεί τις παρακάτω βιβλιοθήκες:

• streamlit: για τη δημιουργία της web εφαρμογής.
• scanpy: για ανάλυση δεδομένων scRNA-seq.
• scanorama: για συγχώνευση δεδομένων από διαφορετικές πηγές.
• decoupler 1.4.0: για την ανάλυση κυτταρικών τύπων.
• numpy 1.23.5: για υπολογισμούς.
• numba 0.56.4: για ταχύτερη επεξεργασία δεδομένων.
• matplotlib: για γραφήματα.
• seaborn: για βελτιωμένα γραφήματα.
• pandas: για επεξεργασία δεδομένων.
• igraph: για την δημιουργία και ανάλυση γραφημάτων.
• louvain: για την εφαρμογή του αλγορίθμου Louvain.
• scipy 1.9.3: για επιστημονικούς υπολογισμούς.

Αν τρέχετε την εφαρμογή με Python, οι βιβλιοθήκες θα εγκατασταθούν μέσω του αρχείου requirements.txt.

Notes: To read_h5ad.py είναι απλώς ένα μικρό script, το οποίο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να διαβαστεί το περιεχόμενο ενός .h5ad αρχείου.