Optical Coherence Tomography (and Angiography) Scans and Deep Learning-Based Alzheimer's Disease Diagnosis

Grant Sponsor: Tubitak-1001 ARDEP Programme
For publications: https://octa.itu.edu.tr/publications-tr.html

Overview

We are investigating the potential of using non-invasive Optical Coherence Tomography (OCT) scans to diagnose Alzheimer's Disease (AD) and Mild Cognitive Impairment (MCI). The field of medical research in this area has grown significantly over the past decade. However, there are no open databases for this purpose yet.

Objectives

In this research project, our goals are:

1. Collaborate with Antalya Educational Research Hospital's Neurology and Ophthalmology departments to collect OCT/OCTA data and subsequently curate and publish an open database.
2. Detect and classify AD and MCI in OCT/A scans using deep learning methods.
3. Utilize classifier explanations to search for novel biomarkers for AD and MDD.

Research Team

• Principal Investigator: Faik Boray TEK, ITU Artificial Intelligence and Data Engineering
• Ophthalmologists:
  • Assoc. Dr. Mehmet Bulut, Antalya Educational Research Hospital
  • Assoc. Dr. Devrim Toslak, Antalya Educational Research Hospital
• Neurologist: Assoc. Dr. Aylin Yaman, Antalya Educational Research Hospital
• Doctoral Fellows:
  • Yasemin Turkan, Computer Engineering
  • Dr. Fatih Arpacı, Eye Hospital Specialization Candidate
  • Dr. Ozan Arslan, Neurology Specialization Candidate
• Undergraduate Members:

  • Öykü Eren (Undergraduate Scholar), ITU Artificial Intelligence and Data Engineering

  • Miraç Buğra Özkan (Undergraduate Scholar), ITU Department of Artificial Intelligence and Data Engineering

  • M. Serdar Nazlı (BİDEB STAR Undergraduate Scholar), ITU Department of Artificial Intelligence and Data Engineering

  • Ömer Faruk Aydın (BİDEB STAR Undergraduate Scholar), ITU Department of Artificial Intelligence and Data Engineering

  • Büşra Şahin (Undergraduate Scholar), ITU Department of Artificial Intelligence and Data Engineering

  • Efe Kırbıyık (Undergraduate Scholar), ITU Department of Artificial Intelligence and Data Engineering

  • Elif Kuş (BİDEB STAR Undergraduate Scholar), Fenerbahçe University, Department of Computer Engineering

---

Optik Koherens Tomografi (ve Anjiyografi) Taramaları ve Derin Öğrenme Tabanlı Alzheimer Hastalığı Teşhisi

Optik Koherens Tomografi taramaları üzerinde Alzheimer Hastalığı ve Hafif Bilişsel Bozukluk teşhisi problemini çalışıyoruz. Konuyla ilgili tıbbi araştırmalar oldukça yeni ve son 5-7 yılda yoğunlaşmaktadır. Problemle ilgili açık bir veri tabanı bulunmuyor.

Araştırma Hedefleri:

1. Antalya Eğ. Arş. Hastanesi Nöroloji ve Göz klinikleri ile işbirliği yaparak açık bir veri tabanı oluşturmayı planlıyoruz.
2. Derin öğrenme yöntemleri ile Alzheimer Hastalığı tespiti ve sınıflandırması yapmayı planlıyoruz.
3. Sınıflandırıcının girdiye dönük açıklamaları ile yeni biyoişaretler araştırmayı planlıyoruz.

---

---

• Yürütücü: Faik Boray TEK, İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği
• Göz Hekimleri:
  • Doç. Dr. Mehmet Bulut, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  • Doç. Dr. Devrim Toslak, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi
• Nöroloji Hekimi: Doç. Dr. Aylin Yaman, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi
• Doktora Öğrencileri:
  • Yasemin Turkan, Bilgisayar Mühendisliği
  • Dr. Fatih Arpacı, Göz Hastalıkları İhtisas Adayı
  • Dr. Ozan Arslan, Nöroloji İhtisas Adayı
• Lisans Öğrencileri:
  • Öykü Eren (lisans bursiyer) İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği Bölümü
  • Miraç Buğra Özkan (lisans bursiyer) İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği Bölümü
  • M. Serdar Nazlı (Bidep Star-lisans bursiyer),İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği Bölümü
  • Ömer Faruk Aydın (Bidep Star-lisans bursiyer),İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği Bölümü
  • Büşra Şahin (lisans bursiyer),İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği Bölümü
  • Efe Kırbıyık (lisans bursiyer),İTÜ Yapay Zeka ve Veri Mühendisliği Bölümü
  • Elif Kuş (Bidep Star-lisans bursiyer), Fenerbahçe Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

---