StatFunGen · alexmccreight · Oct 21, 2025 · Oct 21, 2025 · Oct 21, 2025
diff --git a/tests/testthat/test_coef_predict.R b/tests/testthat/test_coef_predict.R
@@ -1,5 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
 context("coef and predict S3 methods")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_generic_methods.R b/tests/testthat/test_generic_methods.R
@@ -1,5 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
 context("Generic methods infrastructure")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_ibss.R b/tests/testthat/test_ibss.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Iterative Bayesian Stepwise Selection (IBSS)")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_individual_data_methods.R b/tests/testthat/test_individual_data_methods.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("S3 methods for individual data class")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_plotting.R b/tests/testthat/test_plotting.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Plotting functions")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_refinement.R b/tests/testthat/test_refinement.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Refinement unit tests")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_rss_lambda_methods.R b/tests/testthat/test_rss_lambda_methods.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("S3 methods for rss_lambda data class")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_rss_utils.R b/tests/testthat/test_rss_utils.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("RSS utility functions")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_single_effect_regression.R b/tests/testthat/test_single_effect_regression.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Single Effect Regression")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_sparse_multiplication.R b/tests/testthat/test_sparse_multiplication.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("sparse multiplication utilities")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_sufficient_stats_methods.R b/tests/testthat/test_sufficient_stats_methods.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("S3 methods for sufficient statistics (ss) data class")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_summary_print.R b/tests/testthat/test_summary_print.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("summary and print S3 methods")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_susie.R b/tests/testthat/test_susie.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Main susie interface functions")
 
 # =============================================================================
@@ -286,7 +283,6 @@ test_that("susie handles unmappable_effects = inf", {
 })
 
 test_that("susie handles unmappable_effects = ash", {
-  skip("Skipping due to mr.ash bug with missing value in if condition")
   skip_if_not_installed("mr.ash.alpha.mccreight")
 
   set.seed(22)

diff --git a/tests/testthat/test_susie_auto.R b/tests/testthat/test_susie_auto.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("susie_auto unit tests")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_susie_constructors.R b/tests/testthat/test_susie_constructors.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("SuSiE Data Constructors")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_susie_get_functions.R b/tests/testthat/test_susie_get_functions.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("susie_get_* functions")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_susie_utils.R b/tests/testthat/test_susie_utils.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Utility functions for susieR")
 
 # =============================================================================
@@ -1120,7 +1117,7 @@ test_that("est_residual_variance estimates residual variance", {
   expect_true(result > 0)
 
   # Should be reasonable for random data
-  expect_true(result < 10)  # Shouldn't be huge for standardized data
+  expect_true(result < 10)  
 })
 
 test_that("update_model_variance updates variance components", {

diff --git a/tests/testthat/test_susie_workhorse.R b/tests/testthat/test_susie_workhorse.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("SuSiE Workhorse - Main Orchestration")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_trendfilter.R b/tests/testthat/test_trendfilter.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Trend filtering")
 
 # =============================================================================

diff --git a/tests/testthat/test_univariate_regression.R b/tests/testthat/test_univariate_regression.R
@@ -1,6 +1,3 @@
-devtools::load_all(".")
-
-
 context("Univariate regression")
 
 # =============================================================================