folderstructuur

data

• abiotiek: omgevingsdata
• biotiek: biotische data
  • vis: alle visdata
    • edna: environmental DNA data
      • extern: externe data (gecreerd buiten R project)
      • intern: interne data (gecreerd binnen R project)
    • elektrisch: alle data van het elektrisch vissen
      • extern: externe data (gecreerd buiten R project) met onderscheid tussen ruw (oorspronkelijke data) verwerkt_in_excel (correctie voor eventuele fouten in de data)
      • intern: interne data (gecreerd binnen R project)

media

pictures

output

rapport in pdf

source

• functions
  • f.read_excel_allsheets.R: leest in alle aparte worksheets van een excel en plakt deze aanmekaar in 1 dataframe
• not_functions
  • add_missing_folders.R: creert eventuele folders die ontbreken in de directory (handig wanneer het project voor de eerste keer gekloond wordt van github)

gitignore

Aangeven welke files niet gecommit en gepushed mogen worden

bookdown.yml

file nodig voor build met specs

000_abstract.Rmd

Engelstalige samenvatting

001_resume.Rmd

Franstalige samenvatting

01_inleiding.Rmd

021_methodologie_abiotiek.Rmd

Methdologie beschrijving voor verzameling hydromorfologie-data

022_methodologie_vissen_elektrisch.Rmd

Methdologie beschrijving voor het elektrisch vissen

023_methodologie_vissen_edna.Rmd

Methdologie beschrijving voor het verzamelen en verwerken van eDNA-stalen

031_resultaten_abiotiek.Rmd

Verwerking hydromorfologie data

032_resultaten_vissen_elektrisch.Rmd

Verwerking data elektrisch vissen

033_resultaten_vissen_edna.Rmd

Verwerking data eDNA

cover.txt

Informatie voor beginpagina rapport

ehs_kesterbeek_2024.Rproj

R Project (open het r project altijd via deze weg)

index.Rmd

Overkoepelende file met alle nodige info om het rapport te creëren

LICENSE.md

Type licensie voor hergebruik data en code

references.bib

Overzicht van de referenties van het rapport

zzz_references_and_appendix.Rmd

Link naar referentie met bibliografie en appendix