[warning] samtools mpileup option `u` is functional, but deprecated. Please switch to using bcftools mpileup in future

[WWz33]

作者，你好！
请问可否考虑过使用bcftools mpileup命令来替代samtools mpileup
我看到在pre子命令是有线程设置的，如果能在all 子命令下也能设置线程那就太好了！

[maypoleflyn]

非常感谢您的建议，后续的更新中会加入线程参数。

…

---Original--- From: ***@***.***> Date: Wed, Oct 4, 2023 15:06 PM To: ***@***.***>; Cc: ***@***.***>; Subject: [maypoleflyn/BSATOS] [warning] samtools mpileup option `u` isfunctional, but deprecated. Please switch to using bcftools mpileup in future(Issue #2) 作者，你好！ 请问可否考虑过使用bcftools mpileup命令来替代samtools mpileup 我看到在pre子命令是有进程设置的，如果能在all 子命令下也能设置进程那就太好了！ — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

[WWz33]

感谢回复，如果我的作物只考虑snv不考虑sv的话，是否可以添加一个call sv的开关，因为我的文件没用call到sv而导致了进程的终止

[maypoleflyn]

 您好，SV对一些作物来说非常重要，软件的下游也有对SV的注释以及对区段内SV的提取，当然，用户可能有各种不同的需要，我们仍然建议保留SV calling的数据，以便用户使用。
不太清楚进程中止的原因是否为没有call到任何SV所导致（因为对于深度足够的BSA数据，应该能call到一些SV），建议您尝试分部运行，请检查和确定输入文件，假如有需要，非常高兴为您提供能多的帮助。
 非常感谢您提到的samtools版本问题导致的warnings和线程的建议，后续的软件更新中，会考虑。

[WWz33]

merge and filter SV file
cat /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.del.vcf /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.ins.vcf |grep -v "#" >/media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/sv.vcf .........................................................#die [Thu Oct 5 15:06:24 2023]
Error, cmd: cat /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.del.vcf /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.ins.vcf |grep -v "#" >/media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/sv.vcf died with ret 256 at /media/ww/文档/bsa_results/4.SNP_VarDetect/BSATOS/Perlib/prepar.pm line 832, line 52.
#die [Thu Oct 5 15:06:24 2023]
Error, cmd: /media/ww/文档/bsa_results/4.SNP_VarDetect/BSATOS/bsatos prepar --t 1 --aq 30 --vq 30 --d 10 --sq 30 --pb P1.rmdup.bam --mb P2.rmdup.bam --r /home/ww/index/NBI_Gossypium_hirsutum_v1.1.fa --o prepar --gtf /home/ww/index/NBI_Gossypium_hirsutum_v1.1.gene.gtf died with ret 6400 at /media/ww/文档/bsa_results/4.SNP_VarDetect/BSATOS/Perlib/all.pm line 723, line 197.
你好，这是我的错误信息。我的P_M.ins.vcf 为空，测序数据是30x 其他设置是默认

[maypoleflyn]

从您提供的截图，无法判断您报错的原因，从您的路径看，您应该不是用的docker的镜像，您确定一下软件是否正常安装以及依赖软件delly是否在路径中。

…

---Original--- From: ***@***.***> Date: Thu, Oct 5, 2023 21:35 PM To: ***@***.***>; Cc: "Fei ***@***.******@***.***>; Subject: Re: [maypoleflyn/BSATOS] [warning] samtools mpileup option `u` isfunctional, but deprecated. Please switch to using bcftools mpileup in future(Issue #2) merge and filter SV file cat /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.del.vcf /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.ins.vcf |grep -v "#" >/media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/sv.vcf .........................................................#die [Thu Oct 5 15:06:24 2023] Error, cmd: cat /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.del.vcf /media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/P_M.ins.vcf |grep -v "#" >/media/ww/文档/bsa_results/bam/prepar_dir/sv.vcf died with ret 256 at /media/ww/文档/bsa_results/4.SNP_VarDetect/BSATOS/Perlib/prepar.pm line 832, line 52. #die [Thu Oct 5 15:06:24 2023] Error, cmd: /media/ww/文档/bsa_results/4.SNP_VarDetect/BSATOS/bsatos prepar --t 1 --aq 30 --vq 30 --d 10 --sq 30 --pb P1.rmdup.bam --mb P2.rmdup.bam --r /home/ww/index/NBI_Gossypium_hirsutum_v1.1.fa --o prepar --gtf /home/ww/index/NBI_Gossypium_hirsutum_v1.1.gene.gtf died with ret 6400 at /media/ww/文档/bsa_results/4.SNP_VarDetect/BSATOS/Perlib/all.pm line 723, line 197. 你好，这是我的错误信息。我的P_M.ins.vcf 为空，测序数据是30x 其他设置是默认 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: ***@***.***>

[WWz33]

你好，我是按照wiki中的conda安装教程安装的，delly在conda环境下可以正常运行Delly (Version: 0.8.2)