Genoview 🧬

Um navegador genômico leve em Python + WebView, inspirado em ferramentas como IGV, mas com foco em simplicidade e extensibilidade.
Permite carregar arquivos FASTA (.fna) e GFF, visualizar múltiplos genomas em memória, explorar anotações em múltiplas tracks (genes, mRNA, CDS, regulatory), navegar com zoom/pan, buscar por posição ou anotação, e exportar a visualização em PNG.

---

✨ Recursos

• Carregar múltiplos genomas e alternar entre eles.
• Informações detalhadas: ID, tamanho, presença de GFF e contagem de anotações por tipo.
• Anotações organizadas: tabela em colunas (Genes, mRNA, CDS, Regulatory), com links clicáveis.
• Sequência: exibição da sequência correspondente a uma anotação ou região.
• Visualização interativa:
  • Tracks separadas por tipo de anotação.
  • Zoom in/out, pan e reset.
  • “Ir para” posição ou nome de anotação.
  • Régua de coordenadas.
  • Exportação da imagem em PNG.

---

📂 Estrutura do projeto

Navegador_Genomico/
├─ backend/
│  ├─ api.py
│  ├─ data_manager.py
│  └─ file_loader.py
├─ frontend/
│  ├─ index.html
│  ├─ style.css
│  └─ app.js
├─ data/
│  └─ E.Coli-MG1655/
│     ├─ GCA_904425475.1_MG1655_genomic.fna
│     └─ genomic.gff
├─ app.py
├─ requirements.txt
└─ README.md

🚀 Instalação

1. Clone o repositório:

git clone https://github.com/<seu-usuario>/genoview.git
cd genoview

2. Crie um ambiente virtual e instale as dependências:

python -m venv .venv
source .venv/bin/activate   # Windows: .venv\Scripts\activate
pip install -r requirements.txt

---

▶️ Uso

Execute a aplicação:

python app.py

A interface abrirá em uma janela.

• Carregar: selecione arquivos .fna e .gff e clique em Carregar genoma.
• Informações: veja resumo do genoma e das anotações.
• Anotações: explore genes, mRNA, CDS e regulatory em colunas. Clique em um item para ver a sequência e centralizar a visualização.
• Sequência: exibe a sequência da anotação selecionada.
• Visualização: canvas interativo com tracks, zoom, pan, régua e botão para salvar imagem.

---

📊 Dados de exemplo

O repositório inclui a pasta data/E.Coli-MG1655/ com um genoma de Escherichia coli usado para testes:

• GCA_904425475.1_MG1655_genomic.fna → sequência genômica em formato FASTA.
• genomic.gff → anotações genômicas em formato GFF.

Você pode carregar esses arquivos diretamente na aba Carregar para explorar o funcionamento do navegador.

---

🛣️ Roadmap futuro

• Tracks adicionais (exons, UTRs, variantes, cobertura).
• Tooltips ao passar o mouse sobre features.
• Suporte a múltiplos contigs (seqid).
• Persistência de sessões.
• Filtros avançados por tipo ou intervalo.

---

📜 Licença

Este projeto está licenciado sob a licença MIT.
Sinta-se livre para usar, modificar e compartilhar.

---

💡 Nome do projeto

Genoview — genome + view.
Um navegador genômico simples, feito para desenvolver skills de computação e bioinformática