📌 This private repository contains the internal codebase for the pyDock family of tools and related servers. The pyDock framework was initially developed at the University of Cambridge, and later rewritten, modernized, and implemented as a suite of web servers at the Barcelona Supercomputing Center (BSC) within the former Protein Interactions and Docking Group. These tools are now maintained and further developed by the Model3DBio Group at the Institute of Grapevine and Wine Sciences (ICVV–CSIC).

Below is the list of public servers whose source code is privately maintained here:

URL: https://life.bsc.es/pid/pydock/
Fast docking scoring protocol based on electrostatics and desolvation to rank FFT-generated conformations.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydockweb/
Web server for predicting protein–protein interaction structures through rigid-body docking.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydockeneres
Computes per-residue energy contributions in protein–protein interfaces.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydockrescoring
Standalone pipeline and web service for rescoring docking poses generated by pyDockWEB.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydocksaxs
Rigid-body docking with SAXS-guided scoring refinement.

URL: https://model3dbio.csic.es/pydockdna
Web server for docking between proteins and DNA molecules.

This repository hosts:

• The private source code of the pyDock engines.
• Legacy modules developed at BSC.
• Updated and optimized versions maintained by the Model3DBio Group.
• Interfaces and utilities used by the public servers listed above.

If you need access, want to collaborate, or would like to propose improvements:

• Open an Issue in this repository.

• Contact the maintainers:

  • J. Fernández-Recio (PI): juan.fernandezrecio@icvv.es
  • L. A. Rodríguez-Lumbreras: luisangel.rodriguez@icvv.es

📌 Este repositorio privado contiene el código interno para la familia de herramientas pyDock y sus servidores asociados. El framework pyDock fue desarrollado inicialmente en la Universidad de Cambridge, y posteriormente reescrito, modernizado e implementado como un conjunto de servidores web en el Barcelona Supercomputing Center (BSC) dentro del antiguo Protein Interactions and Docking Group. Actualmente, estas herramientas están mantenidas y siguen evolucionando bajo la responsabilidad del grupo Model3DBio en el Instituto de Ciencias de la Vid y el Vino (ICVV–CSIC).

A continuación se muestra la lista de servidores públicos cuyo código fuente se mantiene de forma privada en este repositorio:

URL: https://life.bsc.es/pid/pydock/ Protocolo rápido de puntuación de docking basado en electrostática y desolvación para clasificar conformaciones generadas mediante FFT.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydockweb/ Servidor web para predecir estructuras de interacciones proteína–proteína mediante rigid-body docking.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydockeneres Calcula contribuciones energéticas por residuo en interfaces proteína–proteína.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydockrescoring Pipeline independiente y servicio web para re-puntuar poses de docking generadas con pyDockWEB.

URL: https://life.bsc.es/pid/pydocksaxs Rigid-body docking con refinamiento de puntuación guiado por datos SAXS.

URL: https://model3dbio.csic.es/pydockdna Servidor web para realizar docking entre proteínas y moléculas de ADN.

Este repositorio alberga:

• El código fuente privado de los motores pyDock.
• Módulos heredados desarrollados en el BSC.
• Versiones actualizadas y optimizadas mantenidas por el grupo Model3DBio.
• Interfaces y utilidades utilizadas por los servidores públicos mencionados anteriormente.

Si necesitas acceso, deseas colaborar o quieres proponer mejoras:

• Abre una Issue en este repositorio.

• Contacta con los responsables:

  • J. Fernández-Recio (IP): juan.fernandezrecio@icvv.es
  • L. A. Rodríguez-Lumbreras: luisangel.rodriguez@icvv.es