Pore-Structure-Visible

1 下载代码

3D模型绘制需要下载安装blender并打开script窗口运行脚本

测试用blender版本为3.0.0

代码注释详尽 按序修改

2 环境配置(py,plt模块)

pip install -r requirements.txt

3 输入输出说明

3.0 标准化输入/get_csv

.xsd---xsd_to_csv.pl-----┐

.xyz---xyz_to_csv.py-----├---->>filename.csv（坐标文件）

.pdb---pdb_to_csv.py---┘

3.1 数据转换

filename.csv（坐标文件）---csv_to_np.py--->>filename_atom.csv（矩阵文件）

3.2 数据分析analysis/

filename.csv（坐标文件）---numcsv _to_csv.py--->>filename_atom_data.csv（详细分析文件）

filename.csv（坐标文件）---numcsv_to_txt.py--->>filename_atom.txt（简略分析文件）

3.3 截面作图draw_2D/

filename.csv（坐标文件）---python_2d.py--->>filename_atom.svg（所有层矢量图片）

filename_atom.csv（矩阵文件）---npcsv_to_fbx_cut.py--->>filename_atom.fbx（单层模型文件）

3.4 模型draw_3D/

filename.csv（坐标文件）---draw3D(python).py（plt绘图3d，复杂则卡顿）*不建议使用

filename_atom.csv（矩阵文件）---npcsv_to_fbx(blender).py--->>filename_atom.fbx（模型文件）

4 目录设置

data/

├── filename.csv

└── XXXX.py

注：python_2d.py目录下还需放置csv_to_np.py文件

data_more/

├── filename1.csv

├── filename2.csv

├── filename....csv

└── XXXX(loop).py

5 运行项目

修改.py文件中：文件名、晶格长度(埃)、最小精度（埃）、选择原子(珠子)即可进行运行

晶格长度/最小精度--可视为模型被切片层数

筛选原子（珠子）应在坐标文件第一列Name中出现

    """源文件名"""
    file_name = '15nm-0_xyz'
    """晶格长度"""
    cell_length = 150
    """最小精度"""
    Rc = 5
    """筛选原子(珠子)名显示"""
    bead_name_list = ['B','L','P']

npcsv_to_fbx_cut.py与npcsv_to_fbx(blender).py则需要blender软件打开运行

6 样例

sample/15nm-0_xyz.csv（坐标文件）